[求助] 如何用amber自带程序处理轨迹中由于周期性边界条件，溶剂水分子错乱镜像成键的问题？ 已有1人参与

有2个问题求救大家： 第一：如图，我用amber跑的轨迹，有周期性边界条件，最后呢，水盒子的水分子就镜像成键了，出现了很多跨越成键现象。请问，amber里自带的程序如何转换或者怎么处理下轨迹，总之我是想把这些水分子的长程化学键去掉，让氧原子和周围正常的2个氢原子去成键。请问，如何处理，在manual里哪块有说明吗？或者官网的哪个练习有类似操作吗？比较棘手，多谢各位了！ 我的mdin文件如下： dhfr evb &cntrl   ievb   = 1,   irest  = 0, ntx=1,   ntb    = 1,   ntt    = 3, gamma_ln=100.0,   cut = 10.0,   nstlim = 200000,   dt     = 0.001,   ntpr   = 200, ntave=1,   ntwr = 200, ntwx = 200, ntwe = 200,   nscm = 100,   temp0  = 300,   ntf = 1, ntc = 1,   vlimit=20.0,   iwrap=1, / &ewald   nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / ~ ~ ~ 第2：我的轨迹mdcrd是200ps，1000个frames，第一个frame是正常的，最后一个就如图了。然后我用这两个frame分别取算单点能，最后一个frame的能量是第一个的1000倍，很明显不对，它们应该差不多的。而且bond energy不对，我的单点能mdin文件如下： dhfrc1 nvt &cntrl   ievb=1,   imin=0,   irest  = 0, ntx=1,   nstlim=1,   dt     = 0.0,   ntb=1,   ntf = 1, ntc = 1,   ntt    = 3, gamma_ln=100.0,   temp0  = 300,   cut=12.0,   ntpr   = 1, ntave=1,   ntwr = 1, ntwx = 1, ntwe = 1,   vlimit=20.0,   iwrap=1, / &ewald   nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / 输出的能量文件如下： NSTEP =        0   TIME(PS) =       0.000  TEMP(K) =     0.00  PRESS =     0.0 Etot   = **************  EKtot   =         0.0000  EPtot      = ************** BOND   = **************  ANGLE   =      1438.2584  DIHED      =      1764.9645 1-4 NB =       606.6218  1-4 EEL =      5867.2479  VDWAALS    =     33125.4300 EELEC  =   -268477.1384  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT  = **************  V_EVB   = **************  V_UMB      =         0.0000 C_0^2  =           0.9915          0.0085 EVB RC =           0.0000 Ewald error estimate:   0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ NSTEP =        1   TIME(PS) =       0.000  TEMP(K) =305151.29  PRESS =     0.0 Etot   = **************  EKtot   =  51070814.7000  EPtot      = ************** BOND   = **************  ANGLE   =      1438.2584  DIHED      =      1764.9645 1-4 NB =       606.6218  1-4 EEL =      5867.2479  VDWAALS    =     33125.4300 EELEC  =   -268477.1384  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT  = **************  V_EVB   = **************  V_UMB      =         0.0000 C_0^2  =           0.9915          0.0085 EVB RC =           0.0000 Ewald error estimate:   0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ 我的bond energy老是算不对，请问这是怎么回事呢？ manual上哪里有提到吗？ 大家如果了解的请多多帮忙，新学amber不久 ，不怕遇到问题，只是对于遇到的问题很没有头绪，不知道该怎么解决，多谢了！ 3`O13KF4GZC(@F6F~EWNR%W.jpg

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