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如何用amber自带程序处理轨迹中由于周期性边界条件，溶剂水分子错乱镜像成键的问题？已有1人参与
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有2个问题求救大家： 第一：如图，我用amber跑的轨迹，有周期性边界条件，最后呢，水盒子的水分子就镜像成键了，出现了很多跨越成键现象。请问，amber里自带的程序如何转换或者怎么处理下轨迹，总之我是想把这些水分子的长程化学键去掉，让氧原子和周围正常的2个氢原子去成键。请问，如何处理，在manual里哪块有说明吗？或者官网的哪个练习有类似操作吗？比较棘手，多谢各位了！ 我的mdin文件如下： dhfr evb &cntrl ievb = 1, irest = 0, ntx=1, ntb = 1, ntt = 3, gamma_ln=100.0, cut = 10.0, nstlim = 200000, dt = 0.001, ntpr = 200, ntave=1, ntwr = 200, ntwx = 200, ntwe = 200, nscm = 100, temp0 = 300, ntf = 1, ntc = 1, vlimit=20.0, iwrap=1, / &ewald nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / ~ ~ ~ 第2：我的轨迹mdcrd是200ps，1000个frames，第一个frame是正常的，最后一个就如图了。然后我用这两个frame分别取算单点能，最后一个frame的能量是第一个的1000倍，很明显不对，它们应该差不多的。而且bond energy不对，我的单点能mdin文件如下： dhfrc1 nvt &cntrl ievb=1, imin=0, irest = 0, ntx=1, nstlim=1, dt = 0.0, ntb=1, ntf = 1, ntc = 1, ntt = 3, gamma_ln=100.0, temp0 = 300, cut=12.0, ntpr = 1, ntave=1, ntwr = 1, ntwx = 1, ntwe = 1, vlimit=20.0, iwrap=1, / &ewald nfft1 = 120, nfft2 = 120, nfft3 = 120, / 输出的能量文件如下： NSTEP = 0 TIME(PS) = 0.000 TEMP(K) = 0.00 PRESS = 0.0 Etot = ************** EKtot = 0.0000 EPtot = ************** BOND = ************** ANGLE = 1438.2584 DIHED = 1764.9645 1-4 NB = 606.6218 1-4 EEL = 5867.2479 VDWAALS = 33125.4300 EELEC = -268477.1384 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT = ************** V_EVB = ************** V_UMB = 0.0000 C_0^2 = 0.9915 0.0085 EVB RC = 0.0000 Ewald error estimate: 0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ NSTEP = 1 TIME(PS) = 0.000 TEMP(K) =305151.29 PRESS = 0.0 Etot = ************** EKtot = 51070814.7000 EPtot = ************** BOND = ************** ANGLE = 1438.2584 DIHED = 1764.9645 1-4 NB = 606.6218 1-4 EEL = 5867.2479 VDWAALS = 33125.4300 EELEC = -268477.1384 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000 EVB:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ V_TOT = ************** V_EVB = ************** V_UMB = 0.0000 C_0^2 = 0.9915 0.0085 EVB RC = 0.0000 Ewald error estimate: 0.7715E-01 ------------------------------------------------------------------------------ 我的bond energy老是算不对，请问这是怎么回事呢？ manual上哪里有提到吗？ 大家如果了解的请多多帮忙，新学amber不久 ，不怕遇到问题，只是对于遇到的问题很没有头绪，不知道该怎么解决，多谢了！  3`O13KF4GZC(@F6F~EWNR%W.jpg |
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