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siRNA 探针设计 已有1人参与
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在进行RNAi 验证实验中，进行Northern blot检测 我的目的基因全长700bp左右，干扰后生成的siRNA大概21-23bp，是随机切割。 那么我的探针设计长度应该是基因全长吗，还是有别的设计  ？如果是全长，700bp，那和siRNA的杂交效率会不会好低？ 使用的方法是随机引物法.. 有木有虫子是这方面的经验的，希望大家可以不吝赐教，万分感谢！！！ |
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Fleaves
至尊木虫 (著名写手)
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感谢参与，应助指数 +1
84146922(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-06-25 08:32:53
84146922: 金币+47, ★★★★★最佳答案 2014-06-25 08:43:19
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你所谓的“目的基因”，就是dsRNA呗？ dsRNA产生siRNA，可不是“随机切割”，都是以两端为起点，按照21nt-23nt，甚至25nt，取决于物种，也就是Dicer类型，切的 等于你想检测你的siRNA产生了没有？ 你这个可以用dsRNA全程作为模板，产生随机引物标记的probe，或者就用dsRNA全长作为probe 杂交效率确实与配对长度有关，但你这个检测的就是siRNA，能怎么办？信号通过提高probe比活和杂交条件优化吧 |
2楼2014-06-24 16:39:51
3楼2014-06-25 08:43:09
