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84146922

金虫 (小有名气)

[求助] siRNA 探针设计 已有1人参与

在进行RNAi 验证实验中,进行Northern blot检测
我的目的基因全长700bp左右,干扰后生成的siRNA大概21-23bp,是随机切割。
那么我的探针设计长度应该是基因全长吗,还是有别的设计
如果是全长,700bp,那和siRNA的杂交效率会不会好低?
使用的方法是随机引物法..
有木有虫子是这方面的经验的,希望大家可以不吝赐教,万分感谢!!!
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
84146922(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-06-25 08:32:53
84146922: 金币+47, ★★★★★最佳答案 2014-06-25 08:43:19
你所谓的“目的基因”,就是dsRNA呗?
dsRNA产生siRNA,可不是“随机切割”,都是以两端为起点,按照21nt-23nt,甚至25nt,取决于物种,也就是Dicer类型,切的
等于你想检测你的siRNA产生了没有?
你这个可以用dsRNA全程作为模板,产生随机引物标记的probe,或者就用dsRNA全长作为probe
杂交效率确实与配对长度有关,但你这个检测的就是siRNA,能怎么办?信号通过提高probe比活和杂交条件优化吧
2楼2014-06-24 16:39:51
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84146922

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-06-24 16:39:51
你所谓的“目的基因”,就是dsRNA呗?
dsRNA产生siRNA,可不是“随机切割”,都是以两端为起点,按照21nt-23nt,甚至25nt,取决于物种,也就是Dicer类型,切的
等于你想检测你的siRNA产生了没有?
你这个可以用d ...

谢谢了,自己表述不太正确!!!!
谢谢你的纠正!!!受益匪浅~已经用全长去进行产生随即引物的探针了~
3楼2014-06-25 08:43:09
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

我下一步试验也要做这个siRNA杂交检测,能否交流一下,谢谢
4楼2014-09-02 18:21:32
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