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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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[求助]
Gromacs模拟温度耦合和压力耦合选择算法的问题，感谢！！！ 已有1人参与
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想请教大侠们，Gromacs模拟的时候，MDP配置文件里的温度耦合（Temperature coupling）的berendsen，nose-hoover，v-rescale选哪个算法好啊……？还有其压力耦合的berendsen，Parrinello-Rahman选哪个好呢？？我在温度和压力耦合，选哪个算法上一直纠结不前。。。。我的体系很简单，就是一个蛋白在水溶液中。有没有大虾，能讲解一下这些选择这些算法的区别，以及对最后MD的结果产生的影响呢…………？？万分感谢！ |
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zhangmao511
铁虫 (小有名气)
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4楼2014-06-27 14:23:08
赵红霞
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2楼2014-06-24 11:03:49
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511: 金币+10, ★★★很有帮助, 不错 2014-06-30 19:38:42
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511: 金币+10, ★★★很有帮助, 不错 2014-06-30 19:38:42
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nose-hoover + Parrinello-Rahman, 有空来参加我们的MD使用培训， berendsen只能用于升温或者短暂的equilibration NPT的数据收集，必须这个 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 欢迎大家使用我们开发的软件做些工作，我们团队提供无偿协助， BeeMD开发团队 |
3楼2014-06-25 21:51:44
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-07-08 15:46:37
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-07-08 15:46:37
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有时间的话可以看看Nose, hoover的文章 nose的 A unified formulation of the constant temperature molecular dynamics methods Hoover的 Canonical dynamics: Equilibrium phase-space distributions 在他们之前所有的算法，都不符合Normal Canonical，也就通常不符合咱们要模拟的过程， MD中还有需要注意的就是explicit solvent体系必须用PME (Particle Meshed Ewald)算库仑力， 还有就是时间方面的概念，我在另一个贴子中回了， 基本上这些把握好了，就可以放心地做模拟了，然后在分析结果上下功夫，写文章了。 我们应该会在这个暑期办个MD交流讲座，希望大家来听听， 我们安排好时间了发通知， 可以加我们的群交流MD使用，学习开发， BeeMD发布贴， http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 请帮顶，谢谢 BeeMD开发团队 |
5楼2014-06-27 16:41:12
