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zhuimeng08银虫 (正式写手)
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用gromacs跑膜动力学 已有1人参与
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有人用g_membed命令进行蛋白的镶嵌吗？也就是用g_membed命令把蛋白镶嵌入膜中！有几个问题与大家讨论一下！ 首先说一下我遇到的问题： 系统一直报水分子的坐标不能识别，导致体系崩溃，产生许多step.pdb文件！ 猜测原因： 膜尚不平衡； 蛋白有问题； 我的蛋白是一个二聚体，所以体系比较大，加上膜与水原子总原子数超过70万。 而且我的蛋白链有缺失，我对其进行了修补，不知是不是这个原因，导致体系一直崩溃！ |
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zhuimeng08
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出现的错误： step 46: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates step 48: Water molecule starting at atom 166936 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates 一直就是这个问题！这是哪里出错了！ |
2楼2014-06-17 22:28:23
qianxiong
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3楼2014-06-17 23:06:15
zhuimeng08
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谢谢，我试试！我一直以为是体系没有平衡呢！不加水是不行的，有蛋白裸露在真空中，g_membed 运行不下去！ 4楼2014-06-18 11:20:29