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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » EMSA探针设计
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xy656691

金虫 (正式写手)

[求助] EMSA探针设计 已有3人参与

最近在做EMSA，刚把蛋白纯化出来。现在要设计探针，有一些问题不太明白。
       基因的顺式作用元件元件是6个bp。  ctagaaatgaaaaaaacagccgacacggttaacaatat，此序列为基因启动子上游的一部分。加粗的是作用元件，我设计探针的时候要包含作用元件的6个bp，除了这6个bp之外还要往两端再加多少个碱基呢？增加的这些个碱基是直接按照ctagaaatgaaaaaaacagccgacacggttaacaatat这个序列来加还是按照其他的什么要求来加？另外我的探针要求生物素标记，是加在5，端还是加在3，端？还是两端都加？
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1楼 2014-06-13 18:11:03
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灼灼其华cyl

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
xy656691(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-29 09:04:28
xy656691: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-10-29 18:02:32
我都在 lnvitrogen合成。只需要标记一端一条就可以了，正反两条链拿到手后退火合成双链，就可以用了。你如果不放心，那就正反两天都标记

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2014-10-28 17:41:04
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xy656691(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-14 21:05:22
xy656691: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-15 10:19:43
1 直接按照你的序列来加
2 标记一端就可以了
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致良知
2楼2014-06-13 22:52:01
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xy656691

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-06-13 22:52:01
1 直接按照你的序列来加
2 标记一端就可以了

那一个探针一般需要多少bp呢？
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3楼2014-06-15 10:19:18
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水月心

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xy656691: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-15 17:02:21
直接按照这个序列设计两条互补的就行，大概25-30都可以吧，标记的话任何一段都可以的。
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4楼2014-06-15 10:24:44
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