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beeMD

新虫 (初入文坛)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 196.3
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帖子: 34
在线: 20.3小时
虫号: 2903487
注册: 2013-12-30
专业: 生物大分子结构与功能

[交流] 国产分子动力学计算软件BeeMD正式上线，欢迎下载测试已有32人参与

如题，历经十多年开发，包含计算、分析和可视化全套。
计算速度和主流MD软件一样，自动多线程（OpenMP），MPI并行，CUDA
完全免费，欢迎大家使用。请到 BeeMD.org 查看更多介绍。
我们已经成立了自助开发团队，诚邀各方大拿参加开发，
急需如下方面合作开发，有底子的才俊别保留啊，
.....SIMD优化，
.....单精度优化，
.....CUDA优化，
.....QM模块，
.....力场开发。
速度：双精度版本和GROMACS差不多了，还未做单精度优化。
特点：我们注重增强采样相关开发，支持script编程，扩展开发比GROMACS,AMBER,NAMD容易，还有就是国产，我们能给国内用户提供面对面的使用和开发交流，为用户实现特定需求开发。
附件中是Windows下多线程版本的binaries，其它系统的请到主页下载，
如需从源码编译，请联系我们[ Last edited by beeMD on 2014-6-11 at 11:06 ]

这个MD软件大概构架和功能我们已都开发好，做基本的MD应用计算应该足够了，希望大家用这个软件做些工作，如果有好的应用可联系我们，我们可帮着作，希望有能力的才俊能来参加开发，起点赿低赿好，有一定C语言基础即可，自愿参与，我们不发工资的，但会给做些初步的开发培训，国外MD软件也不是一天写成的，抛砖引玉，希望能有真正创新能力的后来者，这个事情国内总得有人做，请大家多多支持！！！
目前急寻自主QM Module，有知道的学友请帮忙引荐

[ Last edited by beeMD on 2014-6-12 at 23:49 ]

我虽已不做学术，还是给下本人的简介，去年年底开始组建Modar开发团队，队里的其他成员，等我征得他们同意后公布，
2005 中科院生物物理所毕业，
2005－2011 Florida State University,
2011 回国创业，
刚回国前两年没大多时间打理MD开发，最新有些时间出来和大家交流，请大伙多多支持！！！
学术上几乎没有成就，拿的出手的是篇共同一作的PNAS的算法短文，如感兴趣，请大伙自行搜索
"Random walk in orthogonal space to achieve efficient free-energy simulation of complex systems"
在些我感谢Dr. Wei Yang对我放弃学术工作的理解
之前开发过一个可视化软件，详见 noch dot sourceforge dot net
曾经也有不少欧美学者使用，后来出国工作没时间维护，现在更名为Movar 打包在Modar中，Modar是10多年龟速积累的结果，希望国内的学者能多做些开发工作，有能力就来接管我们的开发工作。

[ Last edited by beeMD on 2014-6-13 at 12:57 ]

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附件 1 : modar_for_MSWindows-Jun06-2014.zip

2014-06-09 15:41:23, 9.77 M

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1楼2014-06-09 15:46:48

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beeMD

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

目前速度方面基本达到gromacs，namd的水平，功能上目前还没有QM模块，不能做QM/MM，
高级使用上更灵活些，希望大家使用，有问题到我们开发群里，可以得到我们开发团队的无偿帮助。
国内学者，对开发关注的还不多，做理论计算开发是根基，了解些开发工作，对其它软件使用也是有帮助的，
希望大家都能做些开发工作，
请多多支持我们的开发工作，
请帮顶！！！