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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 晶体结构有空腔，level A错误
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jianglinglei

金虫 (正式写手)

[求助] 晶体结构有空腔，level A错误 已有2人参与

各位大神们好！
      我做了一个天然产物的晶体，换了不同溶剂做了两次样，一直都有level A的问题。我想问问大家（1）遇到了这样的情况怎么处理，因为是做这个分子的晶型研究，所以数据是要尽量体现晶体真实情况，像“squeeze”这样的语句是不能用的；（2）如果确实无法解决这个空腔的问题，那么，大家平时有没有看过文献就这一问题进行讨论的，能不能发一些相关的文献给我？
      PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        313 Ang3  
      残余Q值：Q1 0.9；Q2 0.5
      谢谢大家的帮助！祝大家端午节快乐~
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1楼 2014-05-30 14:01:31
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地才

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianglinglei: 金币+10, ★有帮助 2014-05-30 14:51:02
jianglinglei: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-08-25 09:40:16
有溶剂分子在解析时人为的删除了。解决办法：1 squeeze一下，把SQF详情贴到cif末尾。2 重新xl一次，把所有Q峰读取再仔细指认溶剂分子。祝你好运！端午节快乐！
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2楼2014-05-30 14:06:11
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jianglinglei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 地才 at 2014-05-30 14:06:11
有溶剂分子在解析时人为的删除了。解决办法：1 squeeze一下，把SQF详情贴到cif末尾。2 重新xl一次，把所有Q峰读取再仔细指认溶剂分子。祝你好运！端午节快乐！

你好，谢谢你的回答。请问一下是把SQZ里面的所有信息都贴进去吗？
我的文件是这样的。
“# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
# Note: Data are Listed for all Voids in the P1 Unit Cell
# i.e. Centre of Gravity, Solvent Accessible Volume,
# Recovered number of Electrons in the Void and
# Details about the Squeezed Material
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
  _platon_squeeze_void_content
   1  0.000 -0.158  0.500       384        91 ' '
   2  0.500  0.052  0.500       384        91 ' '
   3  0.368  0.202  0.735        23         2 ' '
   4  0.632  0.202  0.265        23         2 ' '
   5  0.300  0.260  0.535         9         1 ' '
   6  0.700  0.260  0.465         9         1 ' '
   7  0.132  0.702  0.265        23         2 ' '
   8  0.868  0.702  0.735        23         2 ' '
   9  0.200  0.760  0.465         9         1 ' '
  10  0.800  0.760  0.535         9         1 ' '
_platon_squeeze_details
;
;”
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3楼2014-05-30 14:35:59
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianglinglei: 金币+8, ★有帮助 2014-05-30 14:51:21
jianglinglei: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-08-25 09:39:57
建议用没有使用squeeze的数据，尽量指认出溶剂分子，进行精修。如果实在没办法，再用squeeze，然后把sqz里的内容复制到cif结尾。
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4楼2014-05-30 14:43:46
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jianglinglei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by forever1706 at 2014-05-30 14:43:46
建议用没有使用squeeze的数据，尽量指认出溶剂分子，进行精修。如果实在没办法，再用squeeze，然后把sqz里的内容复制到cif结尾。

你好，谢谢你的回复。我的文件如下。想请问一下，每个数字是什么意思呀？
   1  0.000 -0.158  0.500       384        91 ' '
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5楼2014-05-30 14:50:15
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forever1706

禁虫 (知名作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jianglinglei at 2014-05-30 14:50:15
你好，谢谢你的回复。我的文件如下。想请问一下，每个数字是什么意思呀？
   1  0.000 -0.158  0.500       384        91 ' '...

_platon_squeeze_void_nr                            1
  _platon_squeeze_void_average_x              0.000
  _platon_squeeze_void_average_y             -0.158
  _platon_squeeze_void_average_z              0.500
  _platon_squeeze_void_volume                  384
  _platon_squeeze_void_count_electrons        91
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6楼2014-05-30 18:39:41
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