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珊珊1025

铁虫 (小有名气)

[求助] 在SNP与疾病相关性研究的基础上,如何开展 针对SNP突变功能 的细胞研究 已有1人参与

各位虫友,在SNP与疾病相关性研究的基础上,如何开展 针对SNP突变功能 的细胞研究,不是简单的敲除整个基因,而是针对某个点的突变的功能性研究。
现在的基本想法是:1,首先通过实验证明这个突变会影响基因的功能,可以用什么方法?
                                2,通过细胞实验 发现 突变基因的功能改变,该基因的功能是影响神经迁移或突触生长,我可以通过什么指标发现它的功能改变了?比如做冠心病的话,可以用组胺的表达水平来反应,用什么指标可以反应神经迁移能力和突触生长能力的改变呢?
谢谢!
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励交流! 2014-05-31 03:41:04
珊珊1025: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 谢谢!的确不是个简单的问题,从来没接触过这一块儿,还望多多指教~ 2014-05-31 22:34:25
这个问题不是一个简单的问题,我的E-mail:chenwen@biochen.com,欢迎交流。
首先,你这个SNP是否有人报道过(去NCBI dbSNP查查,)?与疾病关联性如何(你的样品数目是否够,关联性是否强?)
再次,你这个SNP位于那里?(基因的内含子区,5'非翻译区,3'非翻译区,编码区)
如果位于编码区是同一突变,还是错义突变,这个突变位于蛋白质的哪个结构域?
然后才是设计实验验证。
首先应该是这个突变对这个基因本身的影响,突变后基因表达是否有改变。然后对上下游基因的表达或相互作用是否有改变(要根据突变的位点预测一下)。还可以继续深入的去做,看你们实验室的能力了。
可以考虑下SNP是否影响miRNA调控等等。
2楼2014-05-30 23:14:49
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普通回帖

一品书香

银虫 (初入文坛)

您好,我现在遇到相同的问题,即如何验证SNP对功能的影响,请问您是如何解决的!谢谢!期待您的回复!
3楼2015-01-29 11:41:51
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珊珊1025

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 一品书香 at 2015-01-29 11:41:51
您好,我现在遇到相同的问题,即如何验证SNP对功能的影响,请问您是如何解决的!谢谢!期待您的回复!

不好意思,刚看见。 我还没解决掉呢, 看你就是这方面的专业人士啊, 现在问题解决了吗?
努力做一只好虫子
4楼2015-03-25 16:30:20
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wyr2006

木虫 (著名写手)

请问楼主,您的问题解决了么?我也是遇到相同的问题,与疾病关联的SNP位于内含子区域
5楼2015-10-25 18:27:06
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珊珊1025

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wyr2006 at 2015-10-25 18:27:06
请问楼主,您的问题解决了么?我也是遇到相同的问题,与疾病关联的SNP位于内含子区域

没有,我后来没有继续做这一块儿了。
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6楼2015-10-26 08:47:29
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7楼2017-08-18 02:47:22
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8楼2017-08-18 17:21:40
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9楼2017-08-19 01:47:23
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10楼2017-08-19 23:24:00
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