24小时热门版块排行榜    

查看: 1374  |  回复: 6

nbashibo

铁虫 (初入文坛)

[求助] 分子标记直接确定目标基因的有无 已有1人参与

如题,根据已克隆基因设计一段引物,以后能否根据此引物扩增条带的有无直接判断目标基因的有无;如果不可以,有什么其他的便捷方法?
谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
木虫/panda: 金币+3, 感谢应助,欢迎常来农林版 2014-05-29 22:42:05
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物,作为分子标记,当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下,据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然,实际情形下,要稍微复杂一些。有的标记是显性的,扩增结果就是有、无之分。更多的标记是共显性的,扩增条带有大小之分。还有的情形是,你能扩增出同样大小的带型,却未必代表相同的等位基因,因为在扩增片段中间可能存在功能性SNP位点的差异。
知识改变命运
2楼2014-05-29 22:40:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nbashibo

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-29 22:40:37
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物,作为分子标记,当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下,据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然,实际情形下,要稍微复杂一些。有的标记是显 ...

那也就是说实际操作起来还是比较麻烦,需要考虑多种情况。就算设计的引物扩增出了条带,测序后也是对的,但是将此引物应用在其他多种不同品种中,有可能就算也能扩增出条带,也不一定就是原来的基因是吧?
3楼2014-05-30 09:43:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nbashibo

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-29 22:40:37
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物,作为分子标记,当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下,据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然,实际情形下,要稍微复杂一些。有的标记是显 ...

请问你知道水稻白叶枯或者稻瘟病的抗性基因有这方面的报道吗?我在网上搜索不到相关信息,有没有人已经利用已克隆的基因设计出了上述功能的引物,谢谢。
4楼2014-05-30 09:51:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

水稻白叶枯或者稻瘟病的抗性基因已经有很多报道。稍微找一下就可以找到很多文献的。
最简单的是到www.ricedata.cn上查找。里面有一栏“基因&QTL",进去以后,可以根据基因名称、符号或登录号进行检索。输入Xa,点击检索,可以得到大部分的白叶枯病抗性基因,那些打勾的都是已经克隆的基因,继续点击进去就可以看到相关的基因符号和原始文献。输入Pi,点击检索,可以查到大部分的稻瘟病抗性基因。

至于您问的问题,实际上也没有复杂。如果有相同大小的条带,一般认为是相同的allele。除非你知道那里有snp,才会去测序或者酶切验证其异同。
知识改变命运
5楼2014-05-30 23:04:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
nbashibo: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-31 11:41:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by nbashibo at 2014-05-30 09:43:24
那也就是说实际操作起来还是比较麻烦,需要考虑多种情况。就算设计的引物扩增出了条带,测序后也是对的,但是将此引物应用在其他多种不同品种中,有可能就算也能扩增出条带,也不一定就是原来的基因是吧?...

你对基因和等位基因的概念还不清晰。
你用相同的引物去扩增不同的品种,得到的就是同一个基因的片段。
也就是说,你扩增的肯定是同一个基因。只是这些产物可能是这个基因的不同等位基因。
知识改变命运
6楼2014-05-30 23:08:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nbashibo

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-30 23:08:35
你对基因和等位基因的概念还不清晰。
你用相同的引物去扩增不同的品种,得到的就是同一个基因的片段。
也就是说,你扩增的肯定是同一个基因。只是这些产物可能是这个基因的不同等位基因。...

好的,谢谢
7楼2014-05-31 11:40:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nbashibo 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 青基如何破局 +3 lyz123lyz 2026-08-27 4/200 2026-08-27 13:08 by kulium
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +4 a089 2026-08-26 5/250 2026-08-27 09:24 by Howard28
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见