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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 农业资源 » 分子标记直接确定目标基因的有无
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nbashibo

铁虫 (初入文坛)

[求助] 分子标记直接确定目标基因的有无 已有1人参与

如题，根据已克隆基因设计一段引物，以后能否根据此引物扩增条带的有无直接判断目标基因的有无；如果不可以，有什么其他的便捷方法？
谢谢
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1楼 2014-05-29 08:54:55
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nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
木虫/panda: 金币+3, 感谢应助，欢迎常来农林版 2014-05-29 22:42:05
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物，作为分子标记，当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下，据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然，实际情形下，要稍微复杂一些。有的标记是显性的，扩增结果就是有、无之分。更多的标记是共显性的，扩增条带有大小之分。还有的情形是，你能扩增出同样大小的带型，却未必代表相同的等位基因，因为在扩增片段中间可能存在功能性SNP位点的差异。
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知识改变命运
2楼2014-05-29 22:40:37
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nbashibo

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-29 22:40:37
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物，作为分子标记，当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下，据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然，实际情形下，要稍微复杂一些。有的标记是显 ...

那也就是说实际操作起来还是比较麻烦，需要考虑多种情况。就算设计的引物扩增出了条带，测序后也是对的，但是将此引物应用在其他多种不同品种中，有可能就算也能扩增出条带，也不一定就是原来的基因是吧？
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3楼2014-05-30 09:43:24
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nbashibo

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-29 22:40:37
答案是YES。根据已克隆的基因序列设计引物，作为分子标记，当然可以判断该基因在目标材料中的有无。在知道功能位点的情况下，据此设计的引物实际上就是功能标记。
当然，实际情形下，要稍微复杂一些。有的标记是显 ...

请问你知道水稻白叶枯或者稻瘟病的抗性基因有这方面的报道吗？我在网上搜索不到相关信息，有没有人已经利用已克隆的基因设计出了上述功能的引物，谢谢。
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4楼2014-05-30 09:51:18
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nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

水稻白叶枯或者稻瘟病的抗性基因已经有很多报道。稍微找一下就可以找到很多文献的。
最简单的是到www.ricedata.cn上查找。里面有一栏“基因&QTL"，进去以后，可以根据基因名称、符号或登录号进行检索。输入Xa，点击检索，可以得到大部分的白叶枯病抗性基因，那些打勾的都是已经克隆的基因，继续点击进去就可以看到相关的基因符号和原始文献。输入Pi，点击检索，可以查到大部分的稻瘟病抗性基因。

至于您问的问题，实际上也没有复杂。如果有相同大小的条带，一般认为是相同的allele。除非你知道那里有snp，才会去测序或者酶切验证其异同。
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知识改变命运
5楼2014-05-30 23:04:01
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nwsuafliu

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
nbashibo: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-31 11:41:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by nbashibo at 2014-05-30 09:43:24
那也就是说实际操作起来还是比较麻烦，需要考虑多种情况。就算设计的引物扩增出了条带，测序后也是对的，但是将此引物应用在其他多种不同品种中，有可能就算也能扩增出条带，也不一定就是原来的基因是吧？...

你对基因和等位基因的概念还不清晰。
你用相同的引物去扩增不同的品种，得到的就是同一个基因的片段。
也就是说，你扩增的肯定是同一个基因。只是这些产物可能是这个基因的不同等位基因。
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知识改变命运
6楼2014-05-30 23:08:35
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nbashibo

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by nwsuafliu at 2014-05-30 23:08:35
你对基因和等位基因的概念还不清晰。
你用相同的引物去扩增不同的品种，得到的就是同一个基因的片段。
也就是说，你扩增的肯定是同一个基因。只是这些产物可能是这个基因的不同等位基因。...

好的，谢谢
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7楼2014-05-31 11:40:54
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