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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 种群遗传分化与遗传结构：FST与STRUCTURE分析结果不一致！
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单子

金虫 (正式写手)

[求助] 种群遗传分化与遗传结构：FST与STRUCTURE分析结果不一致！已有1人参与

各位虫友好，

本人在一项种群遗传遗传学研究中遇到以下问题：
我们用微卫星标记研究了4个种群（A、B、C、D）的遗传分化与遗传结构。
Arlequin软件分析的FST结果显示A、B、C三个种群间都有极显著的遗传分化（p<0.001），
但基于Bayesian聚类分析（STRUCTURE软件）的结果则显示：A-B聚为一个遗传簇，C-D聚为另一个遗传簇。

主要疑问在于
FST分析显示：A与B间存在极显著的遗传分化，
而STRUCTURE软件则显示：A-B聚在一起，也就是说A与B之间没有显著的遗传分化。

这是为什么呢？
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1楼2014-05-27 00:31:04
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hechuguiqu11

铜虫 (小有名气)
楼主好，我刚学着用Arlequin，请问怎么进行群体分组啊？
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2楼2014-06-16 10:07:41
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聚聚聚

新虫 (初入文坛)
★ ★
单子(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-06-23 08:24:09
structure 软件说明书里有讲到这一点。就是Fst表明有群体分化，但str软件却不一定得到一致的结果。具体原因说明书有一大通，英文的，我也没看懂。你看看说明书吧。
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单子
3楼2014-06-22 20:53:07
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fly_锋

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
单子(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-05 19:09:32
这个问题我也遇到过，比你更气人的是，我用两个软件出来的聚类图还不一样！我导师当时给我的理由是，软件内部的具体参数不同，检验方法也不不同（相信你遇到过不同检验方法差异很大的情况）。所以我们根据自己的侧重点选择就行，毕竟不是学数学的，那些原理都不同！
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单子
4楼2014-06-26 14:02:03
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单子

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hechuguiqu11 at 2014-06-16 10:07:41
楼主好，我刚学着用Arlequin，请问怎么进行群体分组啊？

讲不同群体的个体名称设置不同的前缀
如，群体A都以A开头；群体B都以B开头等；
然后，我一般用MStools软件生成Arlequin输入文件格式。
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5楼2014-07-05 15:25:42
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单子

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 聚聚聚 at 2014-06-22 20:53:07
structure 软件说明书里有讲到这一点。就是Fst表明有群体分化，但str软件却不一定得到一致的结果。具体原因说明书有一大通，英文的，我也没看懂。你看看说明书吧。

非常感谢解答。
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6楼2014-07-05 15:26:42
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单子

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fly_锋 at 2014-06-26 14:02:03
这个问题我也遇到过，比你更气人的是，我用两个软件出来的聚类图还不一样！我导师当时给我的理由是，软件内部的具体参数不同，检验方法也不不同（相信你遇到过不同检验方法差异很大的情况）。所以我们根据自己的侧重 ...

非常感谢解答。
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7楼2014-07-05 15:26:55
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李少珂

铜虫 (初入文坛)
内容已删除
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8楼2014-08-26 18:26:50
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zhaoxiaobi

新虫 (初入文坛)
楼主，您好，我刚学着用structure,但我的运算结果没有聚类图，这是为什么呢？
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9楼2015-08-21 14:45:17
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kxs2001

金虫 (著名写手)
表示很困惑
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我知道，主爱我！
10楼2017-03-04 20:39:56
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