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单子

金虫 (正式写手)

[求助] 种群遗传分化与遗传结构:FST与STRUCTURE分析结果不一致! 已有1人参与

各位虫友好,

本人在一项种群遗传遗传学研究中遇到以下问题:
我们用微卫星标记研究了4个种群(A、B、C、D)的遗传分化与遗传结构。
Arlequin软件分析的FST结果显示A、B、C三个种群间都有极显著的遗传分化(p<0.001),
但基于Bayesian聚类分析(STRUCTURE软件)的结果则显示:A-B聚为一个遗传簇,C-D聚为另一个遗传簇。

主要疑问在于
FST分析显示:A与B间存在极显著的遗传分化,
而STRUCTURE软件则显示:A-B聚在一起,也就是说A与B之间没有显著的遗传分化。

这是为什么呢?
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fly_锋

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
单子(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-05 19:09:32
这个问题我也遇到过,比你更气人的是,我用两个软件出来的聚类图还不一样!我导师当时给我的理由是,软件内部的具体参数不同,检验方法也不不同(相信你遇到过不同检验方法差异很大的情况)。所以我们根据自己的侧重点选择就行,毕竟不是学数学的,那些原理都不同!

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4楼2014-06-26 14:02:03
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hechuguiqu11

铜虫 (小有名气)

楼主好,我刚学着用Arlequin,请问怎么进行群体分组啊?
2楼2014-06-16 10:07:41
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聚聚聚

新虫 (初入文坛)

★ ★
单子(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-06-23 08:24:09
structure 软件说明书里有讲到这一点。就是Fst表明有群体分化,但str软件却不一定得到一致的结果。具体原因说明书有一大通,英文的,我也没看懂。你看看说明书吧。

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3楼2014-06-22 20:53:07
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单子

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hechuguiqu11 at 2014-06-16 10:07:41
楼主好,我刚学着用Arlequin,请问怎么进行群体分组啊?

讲不同群体的个体名称设置不同的前缀
如,群体A都以A开头;群体B都以B开头等;
然后,我一般用MStools软件生成Arlequin输入文件格式。
5楼2014-07-05 15:25:42
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