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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 关于晶体结构解析中的A、B类错误的解决办法
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cyg801116

银虫 (小有名气)

[求助] 关于晶体结构解析中的A、B类错误的解决办法 已有2人参与

各位虫友，本人晶体结构解析菜鸟一个，希望各位大侠给分析一下这些A、B类错误是什么意思，怎么解决，谢谢：

Alert level A
PLAT213_ALERT_2_A Atom F4              has ADP max/min Ratio .....        7.4 prolat
PLAT733_ALERT_1_A Torsion Calc   -45.00(1), Rep      -45.00 ......       9.90 su-Rat
              F3  -NB3 -F4  -CS4    1.555   1.555   1.555   1.655       8      
--------------------------------------------------------------------------------Alert level B
DIFMN02_ALERT_2_B  The minimum difference density is < -0.1*ZMAX*1.00
            _refine_diff_density_min given =     -5.796
            Test value =     -5.500
            Crystal system given = tetragonal
PLAT098_ALERT_2_B Large Reported Min.  (Negative) Residual Density      -5.80 eA-3  
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....        100 %Fit  
PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent  O     Ueq(max)/Ueq(min) Range        8.8 Ratio
PLAT250_ALERT_2_B Large U3/U1 Ratio for Average U(i,j) Tensor ....        4.5 Note
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1楼 2014-05-23 17:32:50
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cyg801116 at 2014-05-24 10:17:54
就是根据platon的要求将空间群提上去了，还出来这么多错误，现在再用platon检查，给的就是这个空间群；这个化合物是高温固相做出来的，应该没有溶剂分子；是有几个原子的椭球有问题，温度因子偏高或者偏低；另外弱 ...

两个都是非心空间群，但是后者有着更多的对称元素，所以对称性上来说相对高一些，通常结构解析选择空间群的时候都是秉着就高不就低的原则，但事实上有的时候地空间群是正确的，而高空间群解析的时候往往会出现一些这样或那样的问题，这是就要考虑降低空间群，造成这一现象的主要原因就是某些赝对称性的存在导致的。
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5楼2014-05-24 11:29:13
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先提空间群，有些问题可能就消失了，有些原子如果指认正确的话可能要做无序。
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2楼2014-05-23 18:14:51
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyg801116: 金币+5 2014-05-24 10:08:57
空间群选低了，应该先用platon将空间群升上去，另外，结构总存在着大的残余q峰，可能是有溶剂分子没指认，某些原子的椭球取向有问题。
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3楼2014-05-24 09:52:55
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cyg801116

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackdeng at 2014-05-24 09:52:55
空间群选低了，应该先用platon将空间群升上去，另外，结构总存在着大的残余q峰，可能是有溶剂分子没指认，某些原子的椭球取向有问题。

就是根据platon的要求将空间群提上去了，还出来这么多错误，现在再用platon检查，给的就是这个空间群；这个化合物是高温固相做出来的，应该没有溶剂分子；是有几个原子的椭球有问题，温度因子偏高或者偏低；另外弱弱的问一句，p-4空间群和p-4m2那个高，怎么判断？，谢谢
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4楼2014-05-24 10:17:54
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