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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » squeeze后还应该做什么
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agou

金虫 (正式写手)

[求助] squeeze后还应该做什么 已有2人参与

针对cif检查中有下面的这个A类错误，我用了platon中的squeeze命令，用了之后R因子降低的非常明显。
601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .     289.00 A**3
因以前没用过squeeze，只是听别人说过，用了之后要在cif和文章正文中做详细说明，忘哪位xdjm能详细讲解一下如何在两个文件中做说明，能提供参考文献就更好了。
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小木虫三戒总理事
1楼 2014-05-21 15:33:43
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
agou: 金币+2, ★★★很有帮助, 我的怎么只有sqz文件呢。是这个文件吗？直接粘贴到cif文件最后一行吗？我的cif文件最后一行为：_refine_diff_density_rms 0.103 。 2014-05-21 16:33:41
把SQF文件中德尔squeeze细节detial粘贴到CIF文件最后一行就不会显示错误了。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
2楼2014-05-21 15:53:59
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agou

金虫 (正式写手)
补充一下：我的结构中也有分裂的原子，但是我没做分裂处理，用了isor命令。存在这种情况再用squeeze有没有不妥。
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小木虫三戒总理事
3楼2014-05-21 16:36:07
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以用。squeeze只是挤出无序的溶剂分子，不影响正常结构。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
4楼2014-05-21 17:09:00
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xja1830

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
agou: 金币+2, ★★★很有帮助, 为什么，为什么我的没有sqf文件，我只有sqz文件：格式如下。和我用的platon版本有问题吗。 2014-05-22 08:09:05
引用回帖:
2楼: Originally posted by xja1830 at 2014-05-21 15:53:59
把SQF文件中德尔squeeze细节detial粘贴到CIF文件最后一行就不会显示错误了。

对，直接粘到_refine_diff_density_rms 0.103下一栏就行了。
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以一颗执着不变的心，勇往直前，迎向未来。
5楼2014-05-21 17:10:00
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xuling321

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
agou: 金币+2, ★★★很有帮助, 为什么，为什么我的没有sqf文件，我只有sqz文件：格式如下： 2014-05-22 08:06:40
agou: 金币+1, 我把下面的这段直接copy过去，check，通不过，提示有语法错误啊 2014-05-22 08:13:39
打开sqf文件，全选，复制到cif文件最后，保存，check，OK！
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6楼2014-05-22 01:19:37
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agou

金虫 (正式写手)
我的sqz文件格式，全copy过来的。
TITL x
CELL    9.8000   12.0315   12.2584     82.42     71.83     77.05
SPGR P-1
# Note: Atoms in Void as Cxxx and Qxxx all others
C101 0.394 0.924 0.424 !       3.23 eA-3
C102 0.656 0.175 0.502 !       2.96 eA-3
C103 0.262 0.766 0.391 !       2.63 eA-3
C104 0.355 0.955 0.327 !       2.44 eA-3
C105 0.288 0.777 0.467 !       2.41 eA-3
Q106 0.917 0.827 0.064 !       2.26 eA-3
C107 0.586 0.048 0.688 !       2.17 eA-3
Q108 0.124 0.062 0.873 !       2.05 eA-3
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小木虫三戒总理事
7楼2014-05-22 08:07:09
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xuling321

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by agou at 2014-05-22 08:07:09
我的sqz文件格式，全copy过来的。
TITL x
CELL    9.8000   12.0315   12.2584     82.42     71.83     77.05
SPGR P-1
# Note: Atoms in Void as Cxxx and Qxxx all others
C101 0.394 0.924 0.424 !        ...

不是sqz
至于为什么没有sqf我不知道。sqf文件为：
# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
# Note: Data are Listed for all Voids in the P1 Unit Cell
# i.e. Centre of Gravity, Solvent Accessible Volume,
# Recovered number of Electrons in the Void and
# Details about the Squeezed Material
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
  _platon_squeeze_void_content
   1 -0.011  0.021  0.000       549        96 ' '
_platon_squeeze_details
;
;
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8楼2014-05-25 15:49:53
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