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xiansl

铜虫 (小有名气)


[资源] 征大规模计算需求的应用

大家好,我们是中国科学院计算技术研究所并行编程模型组的,
现在随着计算技术的发展,高性能并行计算机已经能够提供相当高的计算处理能力,像我们所的曙光系列,曙光4000在2004年曾经在Top500中排列第十,现在新的曙光5000系列也即将面世。
但是目前一个主要的问题就是如此大规模的计算能力,找不到合适的并行应用,没有能够真正为实际的科学计算很好的服务。坦率地讲,国内应用水平和高性能计算机的利用率还比较低。
而相应的计算机设计,无论从体系结构还是芯片,操作系统,编译器以及编程平台来说都应该围绕核心的应用来设计,而现在这种需求的推动还非常有限。
目前我们重点关注的是生物计算的应用,也在这方面科学院和很多机构合作正在向前推动。
我们也在期待着有同样对计算能力的很大需求的应用,专业领域学科的人和我们联系,探讨合作,相互交流。互相促进。
一个很好的例子是蛋白质分析,因为和高性能计算结合的好,已经在国际出了很多牛文章,希望有兴趣的同学们和我们联系,一起交流探讨。

我的Email:shanglei@ict.ac.cn

现在编程模型的研究也是很热,并行编程除了传统Omp, MPI,现在的UPC, Titanium和CAF也都有很大潜力,能在各方面帮助物理、化学、生物等学科解决实际问题,而不是每天调Benchmark,应该更有用!

[ Last edited by xiansl on 2008-3-14 at 13:07 ]
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cationly

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

可惜我不熟悉生物计算, 不知道lz对表面计算感兴趣不?
2楼2008-04-01 17:11:05
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bwhahaha


分子结构
计算材料学
蛋白质结构
分子动力学
细胞模拟
半导体能带结构
离子光谱
力学方面的有限元
脑神经元分布传输
虚拟现实

多了去了。。。没事多看看书
3楼2008-04-16 03:32:58
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frank178

金虫 (正式写手)


是啊,现在的应用多着呢,各大高校到处都是集群在做科研,国家不是在组建教育网计算网格吗?
引用回帖:
Originally posted by bwhahaha at 2008-4-16 03:32:
分子结构
计算材料学
蛋白质结构
分子动力学
细胞模拟
半导体能带结构
离子光谱
力学方面的有限元
脑神经元分布传输
虚拟现实

多了去了。。。没事多看看书

4楼2008-05-31 23:30:59
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xiansl

铜虫 (小有名气)


都可以,应用不限,只要有大规模性能需求就好,能创造价值就好。

我认为一方面,现在的计算机发展并行粒度越来越大,但是除了一些典型的石油、银行、航空航天等国家级应用,一般的研究机构、大学还没有充分发掘这方面的潜力,如果把计算能力与具体学科结合,应该会产生比较大的影响。
另一方面,很多专业领域的人也写程序,但是大部分程序没有经过很好的优化,只考虑算法本身,领域本身,很少专业领域程序员考虑局部性要求,考虑Cache Miss,考虑并行粒度扩展性,所以计算机与领域结合应该是非常必要的。

欢迎你跟我们联系。大家共同探讨。
引用回帖:
Originally posted by simao84 at 2008-3-31 18:59:
好铁

5楼2008-07-11 12:50:27
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xiansl

铜虫 (小有名气)


集群已经进入普及阶段,但是目前的应用水平比较低。
关键不在存储墙、功耗强或者ILP墙,
现在并行计算最大的问题在于应用,没有好的应用发挥集群的功效,而是把超级计算机当作服务器,你用10个node,他用5个node,这该不是超算得目的。
引用回帖:
Originally posted by frank178 at 2008-5-31 23:30:
是啊,现在的应用多着呢,各大高校到处都是集群在做科研,国家不是在组建教育网计算网格吗?


6楼2008-07-11 12:53:27
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xiansl

铜虫 (小有名气)


中科院目前在研制曙光5000系列计算机,我们组负责的是曙光系统上的高效运行,目前阶段都是在跑Benchmark,NPB,HPCC,HPL,SpecMPI,真正的具体应用需求,我们不了解,也不可能花时间去了解。

实验室很多课题都是围绕大规模并行系统的优化,编译器自动优化,辅助编程工具来做,如果能有更好的应用,能高显示度的证明这些优化的实用性,工具的有用性,将会是很有意义的。
7楼2008-07-11 12:58:38
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madonion

金虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

羡慕啊,这回放假之前正研究如何用cpmd折磨我的机器一个假期呢
8楼2008-07-11 13:14:06
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ldongupc

金虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

en,我就是做这个的。苦于计算能力有限,只敢计算氨基酸。蛋白质根本不敢想。
9楼2008-08-05 16:50:06
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payne

木虫 (小有名气)


晕,这个是我的帐号。

引用回帖:
Originally posted by madonion at 2008-7-11 13:14:
羡慕啊,这回放假之前正研究如何用cpmd折磨我的机器一个假期呢

刚才登陆错了。
10楼2008-08-05 16:52:45
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payne

木虫 (小有名气)


怎么老搞错

引用回帖:
Originally posted by ldongupc at 2008-8-5 16:50:
en,我就是做这个的。苦于计算能力有限,只敢计算氨基酸。蛋白质根本不敢想。

是这个。
楼上的,不好意思!
11楼2008-08-05 16:56:41
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sandycug

金虫 (小有名气)


利用电导输运能力的测量对DNA测序
12楼2008-08-05 17:11:34
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wally8962

木虫 (著名写手)


4楼已经写的够多了,还用征么?
不是没有应用,而是应用者购买力不够。
13楼2008-09-18 00:09:21
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xiansl

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2008-9-18 00:09:
4楼已经写的够多了,还用征么?
不是没有应用,而是应用者购买力不够。

应用很多,但是能够高效使用并行计算机的有价值的应用还很少,国内现状就是这样,大量的超级计算机,并行集群都当作服务器,跑串行任务,真正的能用起来1000个以上的CPU的程序除了HPL等Benchmark,真正的程序少而又少。

并行算法设计困难,编程困难,调试困难,扩展性差,利用率低是现在最主要的难题。
14楼2008-10-06 17:59:26
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hjh1986


我们学的地理信息系统。不知道跟你们的有多大联系没有。。。
15楼2008-10-07 15:33:34
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z5476t4508

新虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

可以提供给我们用不 急需啊
16楼2008-10-13 09:56:01
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