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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 征大规模计算需求的应用
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xiansl

铜虫 (小有名气)

[资源] 征大规模计算需求的应用

大家好，我们是中国科学院计算技术研究所并行编程模型组的，
现在随着计算技术的发展，高性能并行计算机已经能够提供相当高的计算处理能力，像我们所的曙光系列，曙光4000在2004年曾经在Top500中排列第十，现在新的曙光5000系列也即将面世。
但是目前一个主要的问题就是如此大规模的计算能力，找不到合适的并行应用，没有能够真正为实际的科学计算很好的服务。坦率地讲，国内应用水平和高性能计算机的利用率还比较低。
而相应的计算机设计，无论从体系结构还是芯片，操作系统，编译器以及编程平台来说都应该围绕核心的应用来设计，而现在这种需求的推动还非常有限。
目前我们重点关注的是生物计算的应用，也在这方面科学院和很多机构合作正在向前推动。
我们也在期待着有同样对计算能力的很大需求的应用，专业领域学科的人和我们联系，探讨合作，相互交流。互相促进。
一个很好的例子是蛋白质分析，因为和高性能计算结合的好，已经在国际出了很多牛文章，希望有兴趣的同学们和我们联系，一起交流探讨。

我的Email:shanglei@ict.ac.cn

现在编程模型的研究也是很热，并行编程除了传统Omp, MPI，现在的UPC, Titanium和CAF也都有很大潜力，能在各方面帮助物理、化学、生物等学科解决实际问题，而不是每天调Benchmark，应该更有用！

[ Last edited by xiansl on 2008-3-14 at 13:07 ]
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1楼2008-03-14 10:51:00
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cationly

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

可惜我不熟悉生物计算, 不知道lz对表面计算感兴趣不?
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2楼2008-04-01 17:11:05
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bwhahaha


分子结构
计算材料学
蛋白质结构
分子动力学
细胞模拟
半导体能带结构
离子光谱
力学方面的有限元
脑神经元分布传输
虚拟现实

多了去了。。。没事多看看书
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3楼2008-04-16 03:32:58
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frank178

金虫 (正式写手)
是啊，现在的应用多着呢，各大高校到处都是集群在做科研，国家不是在组建教育网计算网格吗？
引用回帖:
Originally posted by bwhahaha at 2008-4-16 03:32:
分子结构
计算材料学
蛋白质结构
分子动力学
细胞模拟
半导体能带结构
离子光谱
力学方面的有限元
脑神经元分布传输
虚拟现实

多了去了。。。没事多看看书

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4楼2008-05-31 23:30:59
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xiansl

铜虫 (小有名气)
都可以，应用不限，只要有大规模性能需求就好，能创造价值就好。

我认为一方面，现在的计算机发展并行粒度越来越大，但是除了一些典型的石油、银行、航空航天等国家级应用，一般的研究机构、大学还没有充分发掘这方面的潜力，如果把计算能力与具体学科结合，应该会产生比较大的影响。
另一方面，很多专业领域的人也写程序，但是大部分程序没有经过很好的优化，只考虑算法本身，领域本身，很少专业领域程序员考虑局部性要求，考虑Cache Miss，考虑并行粒度扩展性，所以计算机与领域结合应该是非常必要的。

欢迎你跟我们联系。大家共同探讨。
引用回帖:
Originally posted by simao84 at 2008-3-31 18:59:
好铁

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5楼2008-07-11 12:50:27
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xiansl

铜虫 (小有名气)
集群已经进入普及阶段，但是目前的应用水平比较低。
关键不在存储墙、功耗强或者ILP墙，
现在并行计算最大的问题在于应用，没有好的应用发挥集群的功效，而是把超级计算机当作服务器，你用10个node，他用5个node，这该不是超算得目的。
引用回帖:
Originally posted by frank178 at 2008-5-31 23:30:
是啊，现在的应用多着呢，各大高校到处都是集群在做科研，国家不是在组建教育网计算网格吗？
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6楼2008-07-11 12:53:27
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xiansl

铜虫 (小有名气)
中科院目前在研制曙光5000系列计算机，我们组负责的是曙光系统上的高效运行，目前阶段都是在跑Benchmark，NPB，HPCC，HPL，SpecMPI，真正的具体应用需求，我们不了解，也不可能花时间去了解。

实验室很多课题都是围绕大规模并行系统的优化，编译器自动优化，辅助编程工具来做，如果能有更好的应用，能高显示度的证明这些优化的实用性，工具的有用性，将会是很有意义的。
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7楼2008-07-11 12:58:38
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madonion

金虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

羡慕啊，这回放假之前正研究如何用cpmd折磨我的机器一个假期呢
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8楼2008-07-11 13:14:06
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ldongupc

金虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

en,我就是做这个的。苦于计算能力有限，只敢计算氨基酸。蛋白质根本不敢想。
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9楼2008-08-05 16:50:06
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payne

木虫 (小有名气)

晕，这个是我的帐号。

引用回帖:
Originally posted by madonion at 2008-7-11 13:14:
羡慕啊，这回放假之前正研究如何用cpmd折磨我的机器一个假期呢

刚才登陆错了。
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10楼2008-08-05 16:52:45
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payne

木虫 (小有名气)

怎么老搞错

引用回帖:
Originally posted by ldongupc at 2008-8-5 16:50:
en,我就是做这个的。苦于计算能力有限，只敢计算氨基酸。蛋白质根本不敢想。

是这个。
楼上的，不好意思！
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11楼2008-08-05 16:56:41
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sandycug

金虫 (小有名气)
利用电导输运能力的测量对DNA测序
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12楼2008-08-05 17:11:34
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wally8962

木虫 (著名写手)
4楼已经写的够多了，还用征么？
不是没有应用，而是应用者购买力不够。
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13楼2008-09-18 00:09:21
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xiansl

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2008-9-18 00:09:
4楼已经写的够多了，还用征么？
不是没有应用，而是应用者购买力不够。

应用很多，但是能够高效使用并行计算机的有价值的应用还很少，国内现状就是这样，大量的超级计算机，并行集群都当作服务器，跑串行任务，真正的能用起来1000个以上的CPU的程序除了HPL等Benchmark，真正的程序少而又少。

并行算法设计困难，编程困难，调试困难，扩展性差，利用率低是现在最主要的难题。
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14楼2008-10-06 17:59:26
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hjh1986


我们学的地理信息系统。不知道跟你们的有多大联系没有。。。
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15楼2008-10-07 15:33:34
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z5476t4508

新虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

可以提供给我们用不 急需啊
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16楼2008-10-13 09:56:01
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