| 查看: 7424 | 回复: 8 | |||
[交流]
Primer5里面的false priming令人困惑不已 已有5人参与
|
|
用Primer5设计上下游引物的时候，感觉下游引物不太合适就编辑了一下，哪知编辑过后，false priming栏目里就出现了一个Most stable dimer，可我仔细瞅了瞅，这个dimer不就是下游引物和我的模板链结合在一起的吗，这怎么算是false呢？而且显示其Delta G是-44kcal/mol，我个人感觉Primer5对该引物false priming的判断是错误的，大家觉得呢？ 另外，打开“All”后，还发现了另一个false priming dimer，也就是我编辑过后的引物和模板链其他部位的碱基对应碱基相连接起来了，我就不明白了，我只是把之前的那个下游引物的5’端和3’端各删了一个碱基，难道在我没删那两碱基之前，原本的那个下游引物就不能和模板链的相关部位的碱基连接起来吗？ 感觉Primer5有许多地方让我困惑，之前用其设计了一对引物，他们的cross dimer的Delta G是-5.4kcal/mol，而用oligo7检测了后，mixed oligos的Delta G是-2.5kcal/mol，而且两个软件所生成的the most stable dimer的形式都不一样。 软件一只是用来预测的，其正确性一定不是100%，但是Primer5的false priming一栏让我太过困惑，还希望战友们不吝赐教，相互交流，不断进步！ 谢过！ |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有257人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一段序列设计的同一个引物在Primer Premier5.0和Oligo 6.0分析结果不一样
已经有4人回复
- 急！基因用PRIMER5翻译出来为什么和密码子不符？
已经有4人回复
- 求助Primer premier 5.0安装后内存不能为read问题
已经有8人回复
- 【分享】dnaman和primer5中文使用手册【已搜索无重复】
已经有15人回复
快乐农夫
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3225.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 859
- 在线: 240.9小时
- 虫号: 2379017
- 注册: 2013-03-26
- 性别: GG
- 专业: 观赏园艺学
2楼2014-05-12 20:01:44
3楼2014-05-12 20:10:24
mojx
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1402.4
- 散金: 105
- 红花: 3
- 帖子: 516
- 在线: 236.9小时
- 虫号: 2083867
- 注册: 2012-10-24
- 性别: GG
- 专业: 林木遗传育种学
4楼2014-05-16 20:25:39
5楼2014-07-03 12:06:43
快乐农夫
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3225.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 859
- 在线: 240.9小时
- 虫号: 2379017
- 注册: 2013-03-26
- 性别: GG
- 专业: 观赏园艺学
6楼2014-07-04 05:32:25
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
7楼2018-07-01 18:29:46
我家叶子
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1131.6
- 散金: 107
- 红花: 3
- 帖子: 751
- 在线: 78.7小时
- 虫号: 7005568
- 注册: 2017-07-29
- 专业: 拓扑学
8楼2018-07-02 18:43:36
我家叶子
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1131.6
- 散金: 107
- 红花: 3
- 帖子: 751
- 在线: 78.7小时
- 虫号: 7005568
- 注册: 2017-07-29
- 专业: 拓扑学
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2018-07-03 00:58:54
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2018-07-03 00:58:54
|
楼主可以说把问题描述的很清楚了，我之前跟你一样，估计这块改了后算法不一样，觉得改了后看其他项情况是否答标就可以了，还有你说改了后出现非特异性结合，估计你改动了几个碱基就满足了程序算法就显示出有非特异性结合位点 发自小木虫IOS客户端 |
9楼2018-07-02 18:46:51
