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Primer5里面的false priming令人困惑不已已有5人参与
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用Primer5设计上下游引物的时候，感觉下游引物不太合适就编辑了一下，哪知编辑过后，false priming栏目里就出现了一个Most stable dimer，可我仔细瞅了瞅，这个dimer不就是下游引物和我的模板链结合在一起的吗，这怎么算是false呢？而且显示其Delta G是-44kcal/mol，我个人感觉Primer5对该引物false priming的判断是错误的，大家觉得呢？ 另外，打开“All”后，还发现了另一个false priming dimer，也就是我编辑过后的引物和模板链其他部位的碱基对应碱基相连接起来了，我就不明白了，我只是把之前的那个下游引物的5’端和3’端各删了一个碱基，难道在我没删那两碱基之前，原本的那个下游引物就不能和模板链的相关部位的碱基连接起来吗？ 感觉Primer5有许多地方让我困惑，之前用其设计了一对引物，他们的cross dimer的Delta G是-5.4kcal/mol，而用oligo7检测了后，mixed oligos的Delta G是-2.5kcal/mol，而且两个软件所生成的the most stable dimer的形式都不一样。 软件一只是用来预测的，其正确性一定不是100%，但是Primer5的false priming一栏让我太过困惑，还希望战友们不吝赐教，相互交流，不断进步！ 谢过！ |
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楼主可以说把问题描述的很清楚了，我之前跟你一样，估计这块改了后算法不一样，觉得改了后看其他项情况是否答标就可以了，还有你说改了后出现非特异性结合，估计你改动了几个碱基就满足了程序算法就显示出有非特异性结合位点 发自小木虫IOS客户端 |
9楼2018-07-02 18:46:51