应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 在不知道目标片段大小的情况下如何判断SSR目标片段
31/1返回列表
查看: 1401  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

吹不成调

铁虫 (初入文坛)

[求助] 在不知道目标片段大小的情况下如何判断SSR目标片段 已有1人参与

RT：现在有一些SSR引物，但是不知道扩增后目标片段的大小，采用的Touch Down PCR进行扩增，然后跑变性PAGE胶，用于构建遗传图谱。
（1）我知道有一个方法是将该引物进行Blast,看目标产物的大小，但是具体怎么比对不清楚。请问具体该如何比对呢？
（2）在不比对的情况下有什么办法可以知道目标片段的大小呢？
（3）PAGE凝胶电泳以后，出现很多非特异性条带，目标条带处无差异，但是非目标条带出处有明显差异并且后代出现分离，这种差异可以统计进去用于构建遗传图谱吗？
第一次问问题，跪求大神们指点
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子标记

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
萌妹智
1楼 2014-05-07 16:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liutonglu

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吹不成调(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-07 18:25:20
1、其实是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，对比ncbi数据库中的数据，找出对应的那段序列，就可以知道长度了啊，但是对于那种研究较少的物种就不适用了。
2、不过既然知道SSR引物，那你的引物序列从哪里来的，查文献或者来源网站，也就知道了。
3、这种情况是可以的，可能是扩增到了其他位点，也可能是你设计的引物本身就不对，比如垮了内含子区等。
4、最后一条，都什么年代了，还用PAGE，用荧光引物吧，具体怎么做可以查文献。你这个情况做荧光要用M13-tail的方法，不然花费太大了，用这个方法可以降低最少十几倍的花费，但是结果却是影响不大。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2014-05-07 17:37:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吹不成调

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liutonglu at 2014-05-07 17:37:45
1、其实是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，对比ncbi数据库中的数据，找出对应的那段序列，就可以知道长度了啊，但是对于那种研究较少的物种就不适用了。
2、不过既然知道SSR引物，那你的引物序列从哪里来的， ...

谢谢，我查查看荧光引物的相关文献
赞一下 回复此楼
萌妹智
3楼2014-05-14 20:39:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 吹不成调 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭