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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 在不知道目标片段大小的情况下如何判断SSR目标片段
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吹不成调

铁虫 (初入文坛)

[求助] 在不知道目标片段大小的情况下如何判断SSR目标片段 已有1人参与

RT：现在有一些SSR引物，但是不知道扩增后目标片段的大小，采用的Touch Down PCR进行扩增，然后跑变性PAGE胶，用于构建遗传图谱。
（1）我知道有一个方法是将该引物进行Blast,看目标产物的大小，但是具体怎么比对不清楚。请问具体该如何比对呢？
（2）在不比对的情况下有什么办法可以知道目标片段的大小呢？
（3）PAGE凝胶电泳以后，出现很多非特异性条带，目标条带处无差异，但是非目标条带出处有明显差异并且后代出现分离，这种差异可以统计进去用于构建遗传图谱吗？
第一次问问题，跪求大神们指点
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萌妹智
1楼 2014-05-07 16:00:40
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吹不成调

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liutonglu at 2014-05-07 17:37:45
1、其实是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，对比ncbi数据库中的数据，找出对应的那段序列，就可以知道长度了啊，但是对于那种研究较少的物种就不适用了。
2、不过既然知道SSR引物，那你的引物序列从哪里来的， ...

谢谢，我查查看荧光引物的相关文献
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萌妹智
3楼2014-05-14 20:39:31
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liutonglu

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吹不成调(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-07 18:25:20
1、其实是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，对比ncbi数据库中的数据，找出对应的那段序列，就可以知道长度了啊，但是对于那种研究较少的物种就不适用了。
2、不过既然知道SSR引物，那你的引物序列从哪里来的，查文献或者来源网站，也就知道了。
3、这种情况是可以的，可能是扩增到了其他位点，也可能是你设计的引物本身就不对，比如垮了内含子区等。
4、最后一条，都什么年代了，还用PAGE，用荧光引物吧，具体怎么做可以查文献。你这个情况做荧光要用M13-tail的方法，不然花费太大了，用这个方法可以降低最少十几倍的花费，但是结果却是影响不大。
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2楼2014-05-07 17:37:45
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