| 查看: 1438 | 回复: 2 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
在不知道目标片段大小的情况下如何判断SSR目标片段 已有1人参与
|
|||
|
RT：现在有一些SSR引物，但是不知道扩增后目标片段的大小，采用的Touch Down PCR进行扩增，然后跑变性PAGE胶，用于构建遗传图谱。 （1）我知道有一个方法是将该引物进行Blast,看目标产物的大小，但是具体怎么比对不清楚。请问具体该如何比对呢？ （2）在不比对的情况下有什么办法可以知道目标片段的大小呢？ （3）PAGE凝胶电泳以后，出现很多非特异性条带，目标条带处无差异，但是非目标条带出处有明显差异并且后代出现分离，这种差异可以统计进去用于构建遗传图谱吗？ 第一次问问题，跪求大神们指点 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子标记 |
» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有87人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何判断两种分布哪一个更加与目标分布相近。
已经有9人回复
- 5‘Race验证miRNA靶点的原理
已经有40人回复
- 平端酶与粘性末端酶一起使用，产物能否与目标片段一起链接呢？
已经有12人回复
- 如何在电泳图上如何找出与目标性状连锁的SSR标记引物？
已经有6人回复
3楼2014-05-14 20:39:31
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吹不成调(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-07 18:25:20
感谢参与，应助指数 +1
吹不成调(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-07 18:25:20
|
1、其实是利用那段引物序列（20bp左右）做blast，对比ncbi数据库中的数据，找出对应的那段序列，就可以知道长度了啊，但是对于那种研究较少的物种就不适用了。 2、不过既然知道SSR引物，那你的引物序列从哪里来的，查文献或者来源网站，也就知道了。 3、这种情况是可以的，可能是扩增到了其他位点，也可能是你设计的引物本身就不对，比如垮了内含子区等。 4、最后一条，都什么年代了，还用PAGE，用荧光引物吧，具体怎么做可以查文献。你这个情况做荧光要用M13-tail的方法，不然花费太大了，用这个方法可以降低最少十几倍的花费，但是结果却是影响不大。 |
2楼2014-05-07 17:37:45
