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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 为什么模拟出来的环己烷体系势能是正值？？？
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] 为什么模拟出来的环己烷体系势能是正值？？？ 已有1人参与

想请假下，有谁模拟过环己烷体系，为什么我算出来的势能是一个很大的正值？我采用的是联合原子模型，opls力场~求大神指教，这个问题已经困扰我很久了~急急急~

为什么模拟出来的环己烷体系势能是正值？？？
图片1.png
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼 2014-05-05 17:12:06
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-16 18:53:59
环己烷船式比椅式能量要高，而且本身能量就是个相对值，正值也平常，不过通常默认设置零点后都是负值。
ps:你这表格什么意思？Energy下面的Density等什么意思？给解释下么？
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-05-05 18:44:13
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-05 18:44:13
环己烷船式比椅式能量要高，而且本身能量就是个相对值，正值也平常，不过通常默认设置零点后都是负值。
ps:你这表格什么意思？Energy下面的Density等什么意思？给解释下么？

分别指的是键角能，lennard-jones 1-4 作用能，库伦1-4作用能，短程lennard-jones作用能，短程库伦作用能，势能及环己烷的密度。我用的是gromacs软件算的，采用联合原子模型，CH2看做一个粒子。
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
3楼2014-05-05 21:48:36
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:54:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-05 21:48:36
分别指的是键角能，lennard-jones 1-4 作用能，库伦1-4作用能，短程lennard-jones作用能，短程库伦作用能，势能及环己烷的密度。我用的是gromacs软件算的，采用联合原子模型，CH2看做一个粒子。...

那后面的RMSD那一列又作何解释？

[ 发自小木虫客户端 ]
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
4楼2014-05-06 01:11:10
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-06 01:11:10
那后面的RMSD那一列又作何解释？
...

应该是看能力随时间变化的一个波动性吧！
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
5楼2014-05-06 09:53:00
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-05-06 14:15:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-06 09:53:00
应该是看能力随时间变化的一个波动性吧！...

嗯，是我太主观了，总以为RMSD只能是关于距离的描述-_-！
势能是正值不用太担心，而且你的势能是以上五项的加和，1-4范德华和键角能的正值导致了势能的正值。若正值不合理，环己烷分子应该是空间扭曲过大，1-4范德华呈现排斥作用，部分键角远离平衡位置过度。
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xwwjd
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
6楼2014-05-06 13:00:41
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by iamthinking at 2014-05-06 13:00:41
嗯，是我太主观了，总以为RMSD只能是关于距离的描述-_-！
势能是正值不用太担心，而且你的势能是以上五项的加和，1-4范德华和键角能的正值导致了势能的正值。若正值不合理，环己烷分子应该是空间扭曲过大，1-4范德 ...

那这样模拟出来的体系能说是一个平衡的体系么？或者说这个体系是合理的么？
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
7楼2014-05-07 09:13:05
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

你不相信这个数值那就再计算一次看看有没变化
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
8楼2014-05-07 13:01:09
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