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duanepp

木虫 (小有名气)

[交流] migrate-n 软件使用的一些困惑

关于migrate软件的疑问
1.我的数据格式为微卫星，选择data type时选择哪种？

2.选择搜索策略是为Bayesian Inference
第八项 long chain 为1
第九项 sampling increment设置为多少
第十项 record steps in chain设置为多少
第十一项 burn-in of each chain设置为多少
第十二项replicates设置为多少

3.第十三项 heating
migrate的3.6.4版中heating scheme中删除了adaptive选项，这里该选择什么？static？

4.再选择static后 different heated chain 设置为4（？），然后swapping tree 设置为1（？）
在3.2.15中设置coldest temperature中的例子为1.0 1.5 3 0 6.0，而3.6.4版中为1.0 1.5 3.0 1000000.0，这个地方如何设置？

5. migrate要计算四次，第一次Theta和M值是由FST计算得到，后面的三次是如何得到和设置的
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  • 附件 1 : 关于migrate软件的疑问.doc
    • 2014-04-28 14:53:36, 63.5 K

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1楼 2014-04-28 14:53:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lxy890528

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道楼主目前对migrate-n软件是否有深入的了解，如果有的话，可否深入交流一下
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6楼2015-04-21 17:17:22
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普通回帖

卡西西VS鸣人
2楼2014-05-01 11:29:51
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忆忆江南

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡西西VS鸣人 at 2014-05-01 11:29:51

施主，为何发笑~
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3楼2014-05-04 15:50:31
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小豆芽123

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
内容已删除
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4楼2015-01-06 16:46:03
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weiran1990

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你的第2和第4点，我觉得一般按照发表的文章用过的参数来对照设置即可。
第5点的重复四次，我认为应该就是你在第2点中提到的replicates。

另外，请教一个问题，migrate的输入文件是怎么做的？多谢。
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5楼2015-01-22 20:17:12
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生命之轫

银虫 (初入文坛)
跪求楼主指教！
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7楼2015-05-23 20:53:32
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主您好，我也在做SSR分析，最近在找这款软件，能分享么，谢谢，puposl@swu.edu.cn，同时希望能多交流学习
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8楼2015-07-14 16:46:27
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duanepp

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Insecta_A at 2015-07-14 16:46:27
楼主您好，我也在做SSR分析，最近在找这款软件，能分享么，谢谢，puposl@swu.edu.cn，同时希望能多交流学习

http://popgen.sc.fsu.edu/Migrate/Migrate-n.html
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9楼2015-07-15 08:27:44
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zhaifei

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好！我想请教一下SSR数据格式是什么样的？TXT格式，Migrate好像不识别，怎么转换数据呀？谢谢！
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10楼2015-12-20 16:39:43
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