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duanepp

木虫 (小有名气)

[交流] migrate-n 软件使用的一些困惑

关于migrate软件的疑问
1.我的数据格式为微卫星,选择data type时选择哪种?

2.选择搜索策略是为Bayesian Inference
第八项 long chain 为1
第九项 sampling increment设置为多少
第十项 record steps in chain设置为多少
第十一项 burn-in of each chain设置为多少
第十二项replicates设置为多少

3.第十三项 heating
migrate的3.6.4版中heating scheme中删除了adaptive选项,这里该选择什么?static?

4.再选择static后 different heated chain 设置为4(?),然后swapping tree 设置为1(?)
在3.2.15中设置coldest temperature中的例子为1.0 1.5 3 0 6.0,而3.6.4版中为1.0 1.5 3.0 1000000.0,这个地方如何设置?

5. migrate要计算四次,第一次Theta和M值是由FST计算得到,后面的三次是如何得到和设置的
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  • 2014-04-28 14:53:36, 63.5 K

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忆忆江南

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡西西VS鸣人 at 2014-05-01 11:29:51

施主,为何发笑~
3楼2014-05-04 15:50:31
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查看全部 14 个回答

weiran1990

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的第2和第4点,我觉得一般按照发表的文章用过的参数来对照设置即可。
第5点的重复四次,我认为应该就是你在第2点中提到的replicates。

另外,请教一个问题,migrate的输入文件是怎么做的?多谢。
5楼2015-01-22 20:17:12
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lxy890528

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知道楼主目前对migrate-n软件是否有深入的了解,如果有的话,可否深入交流一下
6楼2015-04-21 17:17:22
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Insecta_A

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主您好,我也在做SSR分析,最近在找这款软件,能分享么,谢谢,puposl@swu.edu.cn,同时希望能多交流学习
8楼2015-07-14 16:46:27
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