24小时热门版块排行榜    

查看: 1436  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cyx0516

木虫 (正式写手)

[求助] plat331,420,417,245,checkcif的A类和B类错误 已有2人参与

请各位帮忙解决这几个A类和B类错误
PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O11    -   H11C   ...     Please Check
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H29C   ..  H29C    ..       1.57 Ang.
PLAT245_ALERT_2_B U(iso) H29C    Smaller than U(eq) O29     by ...      0.062 AngSq
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyx0516

木虫 (正式写手)

PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
我用了dfix命令,1.38和1.40都用了,但错误仍旧在,不知再有没有别的方法,这是苯环上相邻的两个C
谢谢
4楼2014-04-28 11:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:32:39
第一个问题,C22-C27之间距离太短了, 试试 dfix 1.38 0.01 C22 C27
第二个和第三个问题,加氢有问题,重新加,寻找合适取向的氢,比如水上的氢呈V字形,envi看看O周围的键长键角,
第四个问题,把H29C的Ueq改成-1.5
以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
2楼2014-04-25 15:06:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:33:06
cyx0516: 金币+10 2014-04-28 11:54:34
从你这几个错误来看,数据好像不是太好,第一个可以通过dfix命令解决,如果1.38不行的话,你可以试试1.40;第二个问题可以不用解决,某些官能团不能形成氢键也很正常;第三个问题是O29上的H29c和本身对称操作的H29c距离太近,这个问题可能是你加氢有问题,也可能是氢原子的个数不对,比如O29上没有氢,具体要看结构;第四个问题是你的H也按异性精修了,应该修各项同性,限制其Ueq为-1.5000。
3楼2014-04-25 22:13:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cyx0516: 金币+10, 谢谢,我试试 2014-04-29 09:55:40
苯环上的c距离1.35过劲,所以才出现了B类错误,这应该是数据不好造成的,估计这个结构的C-C键精度也不会很高,既然是数据不好造成的,你可以继续加大限制的距离,比如1.45,直到达到平均的C-C键长即可。
5楼2014-04-28 13:25:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 305分求调剂(食品工程) +3 Sxy112 2026-03-21 5/250 2026-03-22 11:35 by 杨杨杨紫
[考研] 求调剂 +4 Zhangbod 2026-03-21 5/250 2026-03-22 11:27 by 星空星月
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +5 脱颖而出 2026-03-16 16/800 2026-03-22 11:20 by 脱颖而出
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +11 戏精丹丹丹 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:47 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 287求调剂 +7 晨昏线与星海 2026-03-19 8/400 2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
信息提示
请填处理意见