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cyx0516

木虫 (正式写手)

[求助] plat331,420,417,245,checkcif的A类和B类错误 已有2人参与

请各位帮忙解决这几个A类和B类错误
PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O11    -   H11C   ...     Please Check
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H29C   ..  H29C    ..       1.57 Ang.
PLAT245_ALERT_2_B U(iso) H29C    Smaller than U(eq) O29     by ...      0.062 AngSq
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jackdeng

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:33:06
cyx0516: 金币+10 2014-04-28 11:54:34
从你这几个错误来看,数据好像不是太好,第一个可以通过dfix命令解决,如果1.38不行的话,你可以试试1.40;第二个问题可以不用解决,某些官能团不能形成氢键也很正常;第三个问题是O29上的H29c和本身对称操作的H29c距离太近,这个问题可能是你加氢有问题,也可能是氢原子的个数不对,比如O29上没有氢,具体要看结构;第四个问题是你的H也按异性精修了,应该修各项同性,限制其Ueq为-1.5000。
3楼2014-04-25 22:13:39
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:32:39
第一个问题,C22-C27之间距离太短了, 试试 dfix 1.38 0.01 C22 C27
第二个和第三个问题,加氢有问题,重新加,寻找合适取向的氢,比如水上的氢呈V字形,envi看看O周围的键长键角,
第四个问题,把H29C的Ueq改成-1.5
以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
2楼2014-04-25 15:06:17
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cyx0516

木虫 (正式写手)

PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
我用了dfix命令,1.38和1.40都用了,但错误仍旧在,不知再有没有别的方法,这是苯环上相邻的两个C
谢谢
4楼2014-04-28 11:54:10
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cyx0516: 金币+10, 谢谢,我试试 2014-04-29 09:55:40
苯环上的c距离1.35过劲,所以才出现了B类错误,这应该是数据不好造成的,估计这个结构的C-C键精度也不会很高,既然是数据不好造成的,你可以继续加大限制的距离,比如1.45,直到达到平均的C-C键长即可。
5楼2014-04-28 13:25:03
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