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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » plat331,420,417,245,checkcif的A类和B类错误
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cyx0516

木虫 (正式写手)

[求助] plat331,420,417,245,checkcif的A类和B类错误 已有2人参与

请各位帮忙解决这几个A类和B类错误
PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O11    -   H11C   ...     Please Check
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H29C   ..  H29C    ..       1.57 Ang.
PLAT245_ALERT_2_B U(iso) H29C    Smaller than U(eq) O29     by ...      0.062 AngSq
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1楼 2014-04-25 13:29:13
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:33:06
cyx0516: 金币+10 2014-04-28 11:54:34
从你这几个错误来看，数据好像不是太好，第一个可以通过dfix命令解决，如果1.38不行的话，你可以试试1.40；第二个问题可以不用解决，某些官能团不能形成氢键也很正常；第三个问题是O29上的H29c和本身对称操作的H29c距离太近，这个问题可能是你加氢有问题，也可能是氢原子的个数不对，比如O29上没有氢，具体要看结构；第四个问题是你的H也按异性精修了，应该修各项同性，限制其Ueq为-1.5000。
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3楼2014-04-25 22:13:39
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专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cyx0516: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-04-26 19:32:39
第一个问题，C22-C27之间距离太短了， 试试 dfix 1.38 0.01 C22 C27
第二个和第三个问题，加氢有问题，重新加，寻找合适取向的氢，比如水上的氢呈V字形，envi看看O周围的键长键角，
第四个问题，把H29C的Ueq改成-1.5
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
2楼2014-04-25 15:06:17
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cyx0516

木虫 (正式写手)
PLAT331_ALERT_2_B Small Average Phenyl   C-C Dist. C22    -C27           1.35 Ang.
我用了dfix命令，1.38和1.40都用了，但错误仍旧在，不知再有没有别的方法，这是苯环上相邻的两个C
谢谢
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4楼2014-04-28 11:54:10
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cyx0516: 金币+10, 谢谢，我试试 2014-04-29 09:55:40
苯环上的c距离1.35过劲，所以才出现了B类错误，这应该是数据不好造成的，估计这个结构的C-C键精度也不会很高，既然是数据不好造成的，你可以继续加大限制的距离，比如1.45，直到达到平均的C-C键长即可。
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5楼2014-04-28 13:25:03
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