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yuehedou木虫 (小有名气)
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miRNA高通量测序分析时拷贝数的选取问题
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分析高通量测序的miRNA数据时，通过质控的序列在进入后续分析（conserved，novel等的分析预测）时，对拷贝数（count数）有没有要求？ 我在文献中看到有人全部拿去分析，有人去除了单拷贝，还有人甚至只用10拷贝以上的序列。 欢迎指教、讨论！ |
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 miRNA测序数据分析 |
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growlywolf
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2楼2014-04-26 20:19:15
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miRBase有这样的建议： (1) Multiple reads (10–20 are commonly used cutoffs) support the presence of the mature microRNA (preferably from multiple independent experiments); (2) The reads map to an extended sequence region (e.g. an assembled contig), and the sequence flanking the putative mature microRNA folds to form a microRNA precursor-like hairpin with strong pairing between the mature microRNA and the opposite arm. Reads that map very many times to a genome sequence should be discarded; (3) Mapped reads do not overlap other annotated transcripts (i.e. there is no evidence that the short readsmay represent fragments of mRNAs or other known RNA types); (4) Reads mapping to a locus support consistent processing of the 5'-end of the mature sequence (for example, the majority of reads overlapping a given mature microRNA annotation should have the same 5'-end; the 3'-end may be significantly more variable); and (5) Ideally, reads will support the presence of mature sequences from both arms of the predicted hairpin (so-called miR and miR* sequences), and the putative mature sequences should base-pair with the correct 3'-overhang. miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data |
3楼2014-04-27 10:47:13
yuehedou
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