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luqing6879

木虫 (著名写手)

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专业: 理论和计算化学

[求助] cshell脚本求助

我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。

如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下：
#!/bin/csh

set base=`pwd`

set suffix=_1
set ibase=`echo $1 | sed 's/\.[a-zA-Z4-9]*$//'`
set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'`
if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then
  if ( -w $ibase.out$suffix ) then
cat $ibase.out >> $ibase.out$suffix
rm -f $ibase.out
  else
mv $ibase.out $ibase.out$suffix
  endif
endif

set title=j$kbase[1]
set input=$1

set cpuct=1
if ( $#argv == 2 ) then
set cpuct = `echo $argv[2]`
endif

cat > pbs.$$ <<EOF
### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each
#PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct
###
#PBS -N $title
#PBS -r n
#PBS -c n
#PBS -m n
#PBS -joe
#PBS -koe
#PBS -V
#PBS -S /bin/csh
#PBS -q default

cd $base
set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\`
cat \$PBS_NODEFILE

/Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input

EOF

qsub pbs.$$
## clean-up
rm pbs.$$

可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息：
df: /scratch/3265: No such file or directory
GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265.
GAMESS supplementary output files will be written to ./
Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory...
cp exam01.inp /scratch/3265

请问哪里出问题了？
谢谢。

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