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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样 已有1人参与

runx1 在ensemble 的位置是http://asia.ensembl.org/Homo_sap ... 5;t=ENST00000358356
Chromosome 21: 36,160,098-37,376,965 reverse strand.


runx1 在Entrez的位置是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/861

Chromosome: 21; NC_000021.9 (34787801..35049334, complement)


而且两者不属于包含关系，为什么呢？
并且我下了Affymetrix外显子数据，发现runx1的位置在35082151-35343335，跟上述位置也是不包含关系，这样子我就查不了哪个外显子对应的是哪个位置呢？
求大神解答！

[ Last edited by wizardfan on 2014-4-20 at 00:21 ]
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1楼 2014-04-19 15:24:39
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmc2537: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-04-24 14:11:06
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37
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2楼2014-04-20 00:25:37
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-20 00:25:37
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37

非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？
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3楼2014-04-20 23:11:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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引用回帖:
3楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-04-20 23:11:33
非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？...

请提供链接，我不做这块的。
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4楼2014-04-21 06:06:23
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-21 06:06:23
请提供链接，我不做这块的。...

http://www.affymetrix.com/support/support_result.affx
谢谢，这是外显子数据。
HuEx-1_0-st-v2 Probeset Annotations, CSV, Release 20 (41 MB, 7/20/06)
Comprehensive collection of annotations documented for each probeset on the NetAffx website in the csv format
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5楼2014-04-21 09:12:27
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wizardfan

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【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-04-21 09:12:27
http://www.affymetrix.com/support/support_result.affx
谢谢，这是外显子数据。
HuEx-1_0-st-v2 Probeset Annotations, CSV, Release 20 (41 MB, 7/20/06)
Comprehensive collection of annotations document ...

你给的链接无效。
不过根据所提供的发表日期， 2006年，这个太老了
GRCh37    Release date: March 3, 2009
GRCh38    Release date: December 24, 2013
劝你用38的数据，慢慢地大家都会转移到这个版本上来
参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/human/
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6楼2014-04-22 05:00:48
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-22 05:00:48
你给的链接无效。
不过根据所提供的发表日期， 2006年，这个太老了
GRCh37    Release date: March 3, 2009
GRCh38    Release date: December 24, 2013
劝你用38的数据，慢慢地大家都会转移到这个版本上来
参 ...

http://www.affymetrix.com/support/mas/index.affx?hightlight=true&rootCategoryId=34001

不好意思，可能得通过上述连接才能进入，打开该网页后选择（Human Exon 1.0 ST Array）下面勾选（Annotation Files），然后点击“go”，则打开另外一个网页，找到HuEx-1_0-st-v2 Probeset Annotations, CSV, Release 20 (41 MB, 7/20/06)
Comprehensive collection of annotations documented for each probeset on the NetAffx website in the csv format
另外，谢谢你的建议，
顺便问一下怎么把金币给你呢?
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7楼2014-04-22 23:29:23
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★
lmc2537: 金币+1 2014-04-27 21:56:02
在帖子右下角有个评分按钮。
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8楼2014-04-23 05:30:14
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