应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样
51/1返回列表
查看: 1448  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样 已有1人参与

runx1 在ensemble 的位置是http://asia.ensembl.org/Homo_sap ... 5;t=ENST00000358356
Chromosome 21: 36,160,098-37,376,965 reverse strand.


runx1 在Entrez的位置是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/861

Chromosome: 21; NC_000021.9 (34787801..35049334, complement)


而且两者不属于包含关系，为什么呢？
并且我下了Affymetrix外显子数据，发现runx1的位置在35082151-35343335，跟上述位置也是不包含关系，这样子我就查不了哪个外显子对应的是哪个位置呢？
求大神解答！

[ Last edited by wizardfan on 2014-4-20 at 00:21 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-19 15:24:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-21 06:06:23
请提供链接，我不做这块的。...

http://www.affymetrix.com/support/support_result.affx
谢谢，这是外显子数据。
HuEx-1_0-st-v2 Probeset Annotations, CSV, Release 20 (41 MB, 7/20/06)
Comprehensive collection of annotations documented for each probeset on the NetAffx website in the csv format
赞一下 回复此楼
5楼2014-04-21 09:12:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmc2537: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-04-24 14:11:06
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-04-20 00:25:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-20 00:25:37
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37

非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-20 23:11:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-04-20 23:11:33
非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？...

请提供链接，我不做这块的。
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-21 06:06:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 本子写完了，给DS兄弟看了，得了92分 +3 Doma 2026-03-01 7/350 2026-03-02 00:00 by jnzsy
[考研] 材料学硕318求调剂 +11 February_Feb 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:53 by ccp273206157
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:31 by L135790
[考研] 292求调剂 +6 yhk_819 2026-02-28 6/300 2026-03-01 23:23 by 向上的胖东
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +6 YXCT 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:21 by 向上的胖东
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 材料学调剂 +9 提神豆沙包 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:15 by ms629
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[基金申请] 刚录用，没有期刊号，但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[论文投稿] Optics letters投稿被拒求助 30+3 luckyry 2026-02-26 4/200 2026-03-01 09:06 by babero
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭