应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样
51/1返回列表
查看: 1451  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 为什么基因在ensembl上的位置和Entrez上的位置不一样 已有1人参与

runx1 在ensemble 的位置是http://asia.ensembl.org/Homo_sap ... 5;t=ENST00000358356
Chromosome 21: 36,160,098-37,376,965 reverse strand.


runx1 在Entrez的位置是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/861

Chromosome: 21; NC_000021.9 (34787801..35049334, complement)


而且两者不属于包含关系，为什么呢？
并且我下了Affymetrix外显子数据，发现runx1的位置在35082151-35343335，跟上述位置也是不包含关系，这样子我就查不了哪个外显子对应的是哪个位置呢？
求大神解答！

[ Last edited by wizardfan on 2014-4-20 at 00:21 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-19 15:24:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-22 05:00:48
你给的链接无效。
不过根据所提供的发表日期， 2006年，这个太老了
GRCh37    Release date: March 3, 2009
GRCh38    Release date: December 24, 2013
劝你用38的数据，慢慢地大家都会转移到这个版本上来
参 ...

http://www.affymetrix.com/support/mas/index.affx?hightlight=true&rootCategoryId=34001

不好意思，可能得通过上述连接才能进入，打开该网页后选择（Human Exon 1.0 ST Array）下面勾选（Annotation Files），然后点击“go”，则打开另外一个网页，找到HuEx-1_0-st-v2 Probeset Annotations, CSV, Release 20 (41 MB, 7/20/06)
Comprehensive collection of annotations documented for each probeset on the NetAffx website in the csv format
另外，谢谢你的建议，
顺便问一下怎么把金币给你呢?
赞一下 回复此楼
7楼2014-04-22 23:29:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmc2537: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-04-24 14:11:06
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-04-20 00:25:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-04-20 00:25:37
如果你仔细看的话，Entrez上给的链接也是ENSG00000159216，说明他们两个是一个东西。
为什么坐标不同？因为它们用的基因组版本不同。
NC_000021用的是GRCh38，而Ensembl的是GRCh37

非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-20 23:11:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-04-20 23:11:33
非常谢谢你的回答！那如果我要分析Affymetrix外显子数据该怎么参照呢？...

请提供链接，我不做这块的。
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-21 06:06:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +3 pin8023 2026-02-28 5/250 2026-03-02 00:24 by 花YOU重开日
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 292求调剂 +6 yhk_819 2026-02-28 6/300 2026-03-01 23:23 by 向上的胖东
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 0856调剂 +5 刘梦微 2026-02-28 5/250 2026-03-01 22:30 by wang_dand
[考研] 275求调剂 +3 明远求学 2026-03-01 3/150 2026-03-01 22:29 by 刘兵
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 298求调剂 +6 axyz3 2026-02-28 6/300 2026-03-01 19:00 by 18137688336
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 291分工科求调剂 +9 science饿饿 2026-03-01 10/500 2026-03-01 18:55 by 18137688336
[考研] 材料学调剂 +9 提神豆沙包 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:15 by ms629
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 281求调剂 +4 2026计算机_诚心 2026-03-01 7/350 2026-03-01 17:20 by 2026计算机_诚心
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭