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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » materials-studio软件计算氧气分子能量。
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1164028932

金虫 (初入文坛)

[求助] materials-studio软件计算氧气分子能量。已有3人参与

步骤如下：
      1、先构建一个3D Atomistic文件（即构建一个3D物件视窗）；2、在Build——>Crystals——>Build Crystals，这样就构建出了一个立方晶格空间。这个你肯定会。3、Build——>Add Atoms——>选择O原子，在把xyz坐标改为0.5、0.5、0.5，这样就在立方晶格中央构建出了一个O原子，你再用添加原子的笔在那个O原子上加上去一个O原子，就构建出了可以计算氧分子能量的模型。4、单独计算O原子的话，不再添加第二个O原子就行。

计算结果：我用这种方法算了氧气分子能量。castep文件中final energy=-866eV，是看这个数据吗？还是看其他的。谢谢了（看别人计算的，还有文献上给的能量大约都是8~9ev）
   

castep文件：

*********************************** Forces ***********************************
*                                                                            *
*                        Cartesian components (eV/A)                         *
* -------------------------------------------------------------------------- *
*                   x                    y                    z              *
*                                                                            *
* O         1     -0.00085              0.00568             -0.00079         *
* O         2      0.00085             -0.00568              0.00079         *
*                                                                            *
******************************************************************************

***************** Stress Tensor *****************
*                                               *
*          Cartesian components (GPa)           *
* --------------------------------------------- *
*             x             y             z     *
*                                               *
*  x     -0.018289      0.002225     -0.000730  *
*  y      0.002225     -0.006909     -0.006006  *
*  z     -0.000730     -0.006006     -0.013130  *
*                                               *
*  Pressure:    0.0128                          *
*                                               *
*************************************************
  
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
|    Step    |   lambda    |   F.delta   |    enthalpy     | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
|  previous  |    0.000000 |    0.000000 |     -866.417494 | <-- min BFGS
| trial step |    1.000000 |    0.000000 |     -866.417497 | <-- min BFGS
+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS
  
BFGS: finished iteration     4 with enthalpy= -8.66417497E+002 eV
  
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
|  dE/ion   |   1.577937E-006 |   5.000000E-006 |         eV | Yes | <-- BFGS
|  |F|max   |   5.800782E-003 |   1.000000E-002 |       eV/A | Yes | <-- BFGS
|  |dR|max  |   3.427978E-005 |   5.000000E-004 |          A | Yes | <-- BFGS
|   Smax    |   1.828935E-002 |   2.000000E-002 |        GPa | Yes | <-- BFGS
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS
  
BFGS: Geometry optimization completed successfully.

================================================================================
BFGS: Final Configuration:
================================================================================

                           -------------------------------
                                      Unit Cell
                           -------------------------------
        Real Lattice(A)              Reciprocal Lattice(1/A)
  10.0007554   0.0004342   0.0009489        0.6282711  -0.0000273  -0.0000596
   0.0004342  10.0010894   0.0018433       -0.0000273   0.6282501  -0.0001158
   0.0009489   0.0018433  10.0034738       -0.0000596  -0.0001158   0.6281004

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles
                    a =   10.000755          alpha =   89.978882
                    b =   10.001090          beta  =   89.989128
                    c =   10.003474          gamma =   89.995024

                Current cell volume = 1000.531886 A**3

                           -------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  O            1         0.515446   0.528133   0.552192   x
            x  O            2        -0.515446  -0.528133  -0.552192   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx


BFGS: Final Enthalpy     = -8.66417497E+002 eV
BFGS: Final <frequency>  =       1.14214 cm-1
BFGS: Final bulk modulus unchanged from initial value
materials-studio软件计算氧气分子能量。
结构图
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1楼2014-04-14 21:16:47
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1164028932: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-15 10:38:15
楼主看的没错，就是final energy
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2楼2014-04-14 22:50:11
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1164028932

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-14 22:50:11
楼主看的没错，就是final energy

那看别人计算的，还有文献上给的能量大约都是8~9ev，怎么差距这么大呀？方法有问题吗？
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3楼2014-04-15 10:37:29
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qlsy

银虫 (小有名气)
困惑中

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-04-23 15:26:12
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小小的西瓜籽

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

我是直接 画两个氧原子出来计算的，然后几何优化就得到结果是-150.3956335Ha,DMol3 中算的。
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5楼2014-04-24 11:36:34
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hs0218

金虫 (正式写手)

DDr.

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
1164028932: 金币+25, ★★★很有帮助, 很感谢 2014-04-24 19:00:36
我是做晶体的，没有算过分子，但是我看你这个帖子还是大致知道你的问题在哪
首先你说的这个9eV左右的O2的能量是VASP算出的总能
800多的CASTEP算出来的，没错吧？
vasp的总能是减去了体系单个原子能量后的能量，所以和CASTEP的总能不具有直接可比性！

我搜了下坛子里算O2的帖子，见附件！以此印证我的看法，你CASTEP计算的结果没错！

附图引自：http://muchong.com/html/201111/3868195.html
materials-studio软件计算氧气分子能量。-1
1.jpg


materials-studio软件计算氧气分子能量。-2
2.jpg
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路漫漫其修远兮
6楼2014-04-24 16:39:32
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chenxi1028

新虫 (小有名气)
能问一下，你计算氧气分子能量的设置参数吗？
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7楼2016-01-21 15:08:28
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篮球小科学家

新虫 (初入文坛)
楼主，你好，我按照这个方式，才计算了两步就失败了，其他还有什么参数需要注意的的吗？需不需要构建成2X2X2超晶胞呢？？
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8楼2017-06-26 20:01:54
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