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1164028932金虫 (初入文坛)
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materials-studio软件计算氧气分子能量。 已有3人参与
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步骤如下： 1、先构建一个3D Atomistic文件（即构建一个3D物件视窗）；2、在Build——>Crystals——>Build Crystals，这样就构建出了一个立方晶格空间。这个你肯定会。3、Build——>Add Atoms——>选择O原子，在把xyz坐标改为0.5、0.5、0.5，这样就在立方晶格中央构建出了一个O原子，你再用添加原子的笔在那个O原子上加上去一个O原子，就构建出了可以计算氧分子能量的模型。4、单独计算O原子的话，不再添加第二个O原子就行。 计算结果：我用这种方法算了氧气分子能量。castep文件中final energy=-866eV，是看这个数据吗？还是看其他的。谢谢了（看别人计算的，还有文献上给的能量大约都是8~9ev） castep文件： *********************************** Forces *********************************** * * * Cartesian components (eV/A) * * -------------------------------------------------------------------------- * * x y z * * * * O 1 -0.00085 0.00568 -0.00079 * * O 2 0.00085 -0.00568 0.00079 * * * ****************************************************************************** ***************** Stress Tensor ***************** * * * Cartesian components (GPa) * * --------------------------------------------- * * x y z * * * * x -0.018289 0.002225 -0.000730 * * y 0.002225 -0.006909 -0.006006 * * z -0.000730 -0.006006 -0.013130 * * * * Pressure: 0.0128 * * * ************************************************* +------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS | Step | lambda | F.delta | enthalpy | <-- min BFGS +------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS | previous | 0.000000 | 0.000000 | -866.417494 | <-- min BFGS | trial step | 1.000000 | 0.000000 | -866.417497 | <-- min BFGS +------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS BFGS: finished iteration 4 with enthalpy= -8.66417497E+002 eV +-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS | Parameter | value | tolerance | units | OK? | <-- BFGS +-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS | dE/ion | 1.577937E-006 | 5.000000E-006 | eV | Yes | <-- BFGS | |F|max | 5.800782E-003 | 1.000000E-002 | eV/A | Yes | <-- BFGS | |dR|max | 3.427978E-005 | 5.000000E-004 | A | Yes | <-- BFGS | Smax | 1.828935E-002 | 2.000000E-002 | GPa | Yes | <-- BFGS +-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS BFGS: Geometry optimization completed successfully. ================================================================================ BFGS: Final Configuration: ================================================================================ ------------------------------- Unit Cell ------------------------------- Real Lattice(A) Reciprocal Lattice(1/A) 10.0007554 0.0004342 0.0009489 0.6282711 -0.0000273 -0.0000596 0.0004342 10.0010894 0.0018433 -0.0000273 0.6282501 -0.0001158 0.0009489 0.0018433 10.0034738 -0.0000596 -0.0001158 0.6281004 Lattice parameters(A) Cell Angles a = 10.000755 alpha = 89.978882 b = 10.001090 beta = 89.989128 c = 10.003474 gamma = 89.995024 Current cell volume = 1000.531886 A**3 ------------------------------- Cell Contents ------------------------------- xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx x Element Atom Fractional coordinates of atoms x x Number u v w x x----------------------------------------------------------x x O 1 0.515446 0.528133 0.552192 x x O 2 -0.515446 -0.528133 -0.552192 x xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx BFGS: Final Enthalpy = -8.66417497E+002 eV BFGS: Final <frequency> = 1.14214 cm-1 BFGS: Final bulk modulus unchanged from initial value  结构图 |
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1164028932: 金币+25, ★★★很有帮助, 很感谢 2014-04-24 19:00:36
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我是做晶体的，没有算过分子，但是我看你这个帖子还是大致知道你的问题在哪 首先你说的这个9eV左右的O2的能量是VASP算出的总能 800多的CASTEP算出来的，没错吧？ vasp的总能是减去了体系单个原子能量后的能量，所以和CASTEP的总能不具有直接可比性！ 我搜了下坛子里算O2的帖子，见附件！以此印证我的看法，你CASTEP计算的结果没错！ 附图引自：http://muchong.com/html/201111/3868195.html  1.jpg  2.jpg |
6楼2014-04-24 16:39:32
7楼2016-01-21 15:08:28
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