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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 无序体系的建模问题
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small_grass

银虫 (小有名气)

[求助] 无序体系的建模问题 已有3人参与

模拟无序体系，其中有Li1.4RuO3,有四个锂的位置，各占0.7。不知道该怎么建立模型,想用castep算一下能带和态密度,甚是头大。恳请各位大神指点一二。
data for   ICSD #78722
Coll Code   78722
Rec  Date   1997/05/13
Chem Name   Lithium Ruthenium Oxide (1.4/1/3)
Structured  Li1.4 Ru O3
Sum         Li1.4 O3 Ru1
ANX         A8B11X24
D(calc)     5.05
Title       Structure and lithium deintercalation of Li2-x Ru O3
Author(s)   Kobayashi, H.;Kanno, R.;Kawamoto, Y.;Tabuchi, M.;Nakamura, O.;Tanako,
            M.
Reference   Solid State Ionics
            (1995), 82, 25-31
Unit Cell   4.9398(6) 8.6271(10) 9.9353(8) 90. 99.262(9) 90.
Vol         417.88
Z           8
Space Group C 1 2/c 1
SG Number   15
Cryst Sys   monoclinic
Pearson     mS43
Wyckoff     f4 e3 d
R Value     .0865
Red Cell    C  4.939 4.970 9.935 85.412 80.737 60.204 208.942
Trans Red   -1.000 0.000 0.000 / -0.500 -0.500 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    No data on SOF(Li) given; x,y,z(O2) not consistent with
            listed distances
            Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-085-2001
            Rietveld profile refinement applied
            X-ray diffraction (powder)
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(U)   
Ru   1  +4.6  8 f   0.237(2)    0.0843(8)   0.0012(15)     1.         0        0.17(14)
Li   1  +1    4 d   0.25        0.25        0.5            0.7        0        0.17(14)
Li   2  +1    4 e   0           0.09(6)     0.25           0.7        0        0.17(14)
Li   3  +1    4 e   0           0.41(7)     0.25           0.7        0        0.17(14)
Li   4  +1    4 e   0           0.72(3)     0.25           0.7        0        0.17(14)
O    1  -2    8 f   0.132(11)   0.25(2)     0.120(3)       1.         0        0.17(14)
O    2  -2    8 f   0.122(15)   0.577(1)    0.100(4)       1.         0        0.17(14)
O    3  -2    8 f   0.128(15)   0.923(15)   0.129(4)       1.         0        0.17(14)
*end for    ICSD #78722
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温柔要有，但不妥协，要在安静中，不慌不忙的刚强
1楼 2014-04-12 15:40:44
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:13
你给出的就是cif文件的格式，直接在MS中打开就是。然后3D  操作，你想做什么模型都可以。
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2楼2014-04-13 00:19:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

small_grass

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-13 00:19:00
你给出的就是cif文件的格式，直接在MS中打开就是。然后3D  操作，你想做什么模型都可以。

那您知道这是一个有空位的模型，直接导入肯定不能算。也不适合用vca.请教可否具体说说怎么建空位模型，不惜赐教！
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温柔要有，但不妥协，要在安静中，不慌不忙的刚强
3楼2014-04-13 09:27:17
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:23
引用回帖:
3楼: Originally posted by small_grass at 2014-04-13 09:27:17
那您知道这是一个有空位的模型，直接导入肯定不能算。也不适合用vca.请教可否具体说说怎么建空位模型，不惜赐教！...

你在晶体结构数据库中导出你要模型的体材料的cif文献，然后倒入MS，在MS中，你要什么空位，就删除什么原子。你要间隙的，就在间隙中加入你想加入的原子。若是不会操作，可以看看MS使用教程。
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4楼2014-04-13 09:44:22
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zique

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
small_grass(fzx2008代发): 金币+2, 谢谢回帖！ 2014-04-28 19:27:28
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-09-22 22:14:36
不太清楚MS里面如何实现无序体系的计算，不过abinit软件里好像能算混合赝势，就是能指定一个格点上占百分之多少的某种元素。
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5楼2014-04-13 15:38:51
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small_grass

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-13 09:44:22
你在晶体结构数据库中导出你要模型的体材料的cif文献，然后倒入MS，在MS中，你要什么空位，就删除什么原子。你要间隙的，就在间隙中加入你想加入的原子。若是不会操作，可以看看MS使用教程。...

呀，我想您还没搞清楚，这个体系很复杂，要建一个超大晶胞，不是删除那么简单。有很多种空位位置，有很多种模型。您可以试一试。
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温柔要有，但不妥协，要在安静中，不慌不忙的刚强
6楼2014-04-13 16:02:49
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-14 21:29:33
small_grass(fzx2008代发): 金币+2, 谢谢回帖！ 2014-04-28 19:27:49
引用回帖:
6楼: Originally posted by small_grass at 2014-04-13 16:02:49
呀，我想您还没搞清楚，这个体系很复杂，要建一个超大晶胞，不是删除那么简单。有很多种空位位置，有很多种模型。您可以试一试。...

建立超胞的目的无非是想模拟空位之间没有相互作用，一般十个A就是可以了。你总不至于在一个模型中计算两个完全不同的空位对这个结构的影响，它们之间还考虑相互作用。那的确很复杂，但是物理意义却不是很大。
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7楼2014-04-13 16:07:28
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cas_hzj

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-09-22 22:14:50
单纯用CASTEP计算，可以计算不同空位的总能，来进行判断。最好是能用蒙特卡洛计算进行模拟，来得到空位
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

small_grass
8楼2014-09-15 19:00:13
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small_grass

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by cas_hzj at 2014-09-15 19:00:13
单纯用CASTEP计算，可以计算不同空位的总能，来进行判断。最好是能用蒙特卡洛计算进行模拟，来得到空位

谢谢

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温柔要有，但不妥协，要在安静中，不慌不忙的刚强
9楼2014-09-15 22:52:30
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