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如果计算蛋白质中N末端α-氨基及赖氨酸残基ε-氨基数目已有1人参与
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看到文献中描述一种化合物的量为0.1 eq with respect to the total amount of primary amines of the N-terminus and all present lysines for CalB 不知这个N末端α-氨基及赖氨酸残基ε-氨基数目怎么计算啊？ 百度搜素了解到这个和肽链数和赖氨酸含量有关，但具体怎么算，还是不清楚，还请高人指点！ |
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3楼2014-04-09 19:01:23
biostar2009
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gyesang: 金币+5, MolEPI+1 2014-04-09 17:08:04
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primary amines，伯胺，在蛋白质中存在很多位置 一个是N-terminal，没有反应掉的氨基酸的伯胺 一个就是Lysine的epsilon-NH2 还有三个地方，化学环境有点不一样，分别是Asparagine，Glutamine这俩是酰胺，和Arginine，这个是胍。 其余的地方，形成肽键的已经是仲氨，或者Histidine和Tryptophan中的也是仲氨。 你这个缺乏语境，不知道你这个为什么只考虑N-terminal和Lysine，是不是排除了酰胺和胍的情况。 算N-terminal和Lysine，这事很简单，比如你有1 mol的蛋白质，这个蛋白质有2条链，那就有2 mol的N-terminal，每条链有4个lysine，那就是8 mol的lysine，一共就有10 mol。 |
2楼2014-04-09 14:48:59
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不好意思，想确认一下 Lipase B的结构是 lipase B [Candida antarctica] GenBank: CAA83122.1 GenPept Graphics >gi|515792|emb|CAA83122.1| lipase B [Candida antarctica] MKLLSLTGVAGVLATCVAATPLVKRLPSGSDPAFSQPKSVLDAGLTCQGASPSSVSKPILLVPGTGTTGP QSFDSNWIPLSTQLGYTPCWISPPPFMLNDTQVNTEYMVNAITALYAGSGNNKLPVLTWSQGGLVAQWGL TFFPSIRSKVDRLMAFAPDYKGTVLAGPLDALAVSAPSVWQQTTGSALTTALRNAGGLTQIVPTTNLYSA TDEIVQPQVSNSPLDSSYLFNGKNVQAQAVCGPLFVIDHAGSLTSQFSYVVGRSALRSTTGQARSADYGI TDCNPLPANDLTPEQKVAAAALLAPAAAAIVAGPKQNCEPDLMPYARPFAVGKRTCSGIVTP 这应该是一条链，那么就一个N-terminal,这条链上有36个L,就有36个lysine residues,每个lysine上有一个自由amine，总共就是37个amino groups。 不知这个对不对？ 多谢！ |
4楼2014-04-11 17:58:39
biostar2009
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