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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » 如果计算蛋白质中N末端α-氨基及赖氨酸残基ε-氨基数目
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派

[求助] 如果计算蛋白质中N末端α-氨基及赖氨酸残基ε-氨基数目 已有1人参与

看到文献中描述一种化合物的量为0.1 eq with respect to the total amount of primary amines of the N-terminus and all present lysines for CalB

不知这个N末端α-氨基及赖氨酸残基ε-氨基数目怎么计算啊？
百度搜素了解到这个和肽链数和赖氨酸含量有关，但具体怎么算，还是不清楚，还请高人指点！
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天道酬勤!
1楼 2014-04-09 05:32:57
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+5, MolEPI+1 2014-04-09 17:08:04
hjlyyc: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢， 2014-04-09 18:59:00
hjlyyc: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢 2014-04-11 19:13:15
primary amines，伯胺，在蛋白质中存在很多位置
一个是N-terminal，没有反应掉的氨基酸的伯胺
一个就是Lysine的epsilon-NH2
还有三个地方，化学环境有点不一样，分别是Asparagine，Glutamine这俩是酰胺，和Arginine，这个是胍。
其余的地方，形成肽键的已经是仲氨，或者Histidine和Tryptophan中的也是仲氨。
你这个缺乏语境，不知道你这个为什么只考虑N-terminal和Lysine，是不是排除了酰胺和胍的情况。
算N-terminal和Lysine，这事很简单，比如你有1 mol的蛋白质，这个蛋白质有2条链，那就有2 mol的N-terminal，每条链有4个lysine，那就是8 mol的lysine，一共就有10 mol。
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2楼2014-04-09 14:48:59
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-09 14:48:59
primary amines，伯胺，在蛋白质中存在很多位置
一个是N-terminal，没有反应掉的氨基酸的伯胺
一个就是Lysine的epsilon-NH2
还有三个地方，化学环境有点不一样，分别是Asparagine，Glutamine这俩是酰胺，和Argin ...

多谢指点，我只要计算N-terminal和Lysine中的伯胺。
不知蛋白质链数和链上的lysine数怎么知道啊？
我的蛋白质是CalB， Lipase B from Candida antarctica
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天道酬勤!
3楼2014-04-09 19:01:23
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hjlyyc

木虫 (知名作家)

无门派
引用回帖:
2楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-09 14:48:59
primary amines，伯胺，在蛋白质中存在很多位置
一个是N-terminal，没有反应掉的氨基酸的伯胺
一个就是Lysine的epsilon-NH2
还有三个地方，化学环境有点不一样，分别是Asparagine，Glutamine这俩是酰胺，和Argin ...

不好意思，想确认一下
Lipase B的结构是
lipase B [Candida antarctica]
GenBank: CAA83122.1
GenPept Graphics
>gi|515792|emb|CAA83122.1| lipase B [Candida antarctica]
MKLLSLTGVAGVLATCVAATPLVKRLPSGSDPAFSQPKSVLDAGLTCQGASPSSVSKPILLVPGTGTTGP
QSFDSNWIPLSTQLGYTPCWISPPPFMLNDTQVNTEYMVNAITALYAGSGNNKLPVLTWSQGGLVAQWGL
TFFPSIRSKVDRLMAFAPDYKGTVLAGPLDALAVSAPSVWQQTTGSALTTALRNAGGLTQIVPTTNLYSA
TDEIVQPQVSNSPLDSSYLFNGKNVQAQAVCGPLFVIDHAGSLTSQFSYVVGRSALRSTTGQARSADYGI
TDCNPLPANDLTPEQKVAAAALLAPAAAAIVAGPKQNCEPDLMPYARPFAVGKRTCSGIVTP

这应该是一条链，那么就一个N-terminal,这条链上有36个L,就有36个lysine residues,每个lysine上有一个自由amine，总共就是37个amino groups。
不知这个对不对？

多谢！
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天道酬勤!
4楼2014-04-11 17:58:39
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hjlyyc at 2014-04-11 17:58:39
不好意思，想确认一下
Lipase B的结构是
lipase B
GenBank: CAA83122.1
GenPept Graphics
>gi|515792|emb|CAA83122.1| lipase B
MKLLSLTGVAGVLATCVAATPLVKRLPSGSDPAFSQPKSVLDAGLTCQGASPSSVSKPILLVPGTGT ...

对的，就这个意思
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5楼2014-04-11 18:08:56
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