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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 为什么我的PCR跑出来的都是二聚体？
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tennisafin

木虫 (正式写手)

[交流] 为什么我的PCR跑出来的都是二聚体？

年前在上海生工合成了一对SCAR引物，在群体中具有很好的多态性，稳定性也很好。但是过完年，回来一跑PCR，什么产物都没有，只有二聚体，但偶尔跑的不错。不知道为什么？？？
引物一直是保存在—20C°
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1楼 2008-02-29 19:48:05
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dreamsail

银虫 (正式写手)
★ ★
asr(金币+2,VIP+0)::P 多谢，欢迎常来交流！
我遇到这样的问题一般把酶和DNTP都换新的，你试下看。
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2楼2008-03-01 10:29:40
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ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
asr(金币+2,VIP+0)::P very good，欢迎常来交流！
你说的情况可以肯定不是引物的问题，如果2楼的因素排除后，最大的可能是就是模板了，我个人认为dNTP的可能性最小！！
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3楼2008-03-01 19:25:08
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lauren180

木虫 (著名写手)

小木虫挖井人
★
asr(金币+1,VIP+0)::P
模板问题，做新模板吧
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细推物理须行乐。
4楼2008-03-01 19:39:59
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annwt

木虫 (正式写手)
★ ★
asr(金币+2,VIP+0)::P very good，欢迎常来交流！
以前我曾经用过上海生工的RAPD引物，2 OD的，由于有问题，他们给换货了，不过他们讲，关于这种短的引物，高OD的会出问题，建议我用0.5OD的，不知道为什么。
至于你的试验，我看可以先从对照入手，分析排出原因，
第一是酶和体系是第一，看其他同学的PCR结果。
第二是模板，扩熟悉的。
第三是引物，我当初就是用事实与生工打交道，他们挺讲理的。
最后希望你尽快解决问题。
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5楼2008-03-01 21:12:30
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zhufy

铁虫 (初入文坛)
我也碰到了类似问题啊！
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6楼2008-03-01 21:57:36
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
★
reasonspare(金币+1,VIP+0):xiexie 欢迎常来,.
可能是引物浓度相对过高，引物试剂应该没有问题。因为PCR中95度能使所有DNA变性，更何况小小的引物。
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7楼2008-03-02 10:58:17
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app1129

可能是胶的原因那
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8楼2008-03-02 12:06:14
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wuyexu1205

金虫 (小有名气)
我认为相对而言，胶和试剂影响你结果的可能性很小，到是同意3楼和1楼的看法。也就是说问题应该出在模版和酶的方面。因为：PCR试剂在分子上讲都是化学稳定结构，这是作为试剂的一个基本前提；你一个研究生倒不好琼脂糖胶是不可能的；对于TAQ酶，不同的公司的产品的技术规格不同，PCR技术总体上属于敏感性实验技术，TAQ酶虽然耐高温，但是对化学物质敏感，最怕污染，有可能是问题的根源；对于模板，就要看你严谨的程度了，如果是手抽质粒或其他DNA（RNA更是如此）作为模板，其中有很多抽提时残留的杂质，包括未除尽的蛋白，如果在习惯性的4度冰箱存放，这些导致你的模板的降解是完全可能的，更何况放置了一个寒假，你做PCR实验想必对模板进行了稀释，拿一份降解的模板稀释前又不弹匀的话，是符合你“有时做出来，有时做不出来”的情形的。
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满招损，谦受益
9楼2008-03-02 13:04:07
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tennisafin

木虫 (正式写手)
Taq酶，和dNTP等都是用精美的，一直没有问题，模板也证明是没有问题，因为用别的引物能得到很好的扩增。现在就是不知道问题出在哪里，怎么解决？
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10楼2008-03-02 22:15:08
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