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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大四科研小白，读研准备做分子模拟，毫无头绪，求各位老师前辈引路
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-07 23:23:04
好高端的问题啊，我不懂！没有听说过，没有用过这样的工具。...

这篇文章使用Gromacs算二元组分扩散系数的，需要用到速度自相关系数和速度交叉关联系数。

但是我不知道怎么处理这两个数据。
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  • 附件 1 : jp109042q.pdf
    • 2014-04-07 23:29:42, 364.06 K
11楼2014-04-07 23:33:55
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
11楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 23:33:55
这篇文章使用Gromacs算二元组分扩散系数的，需要用到速度自相关系数和速度交叉关联系数。

但是我不知道怎么处理这两个数据。...

g_msd 就可以计算各组分的扩散系数啊
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12楼2014-04-07 23:45:52
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-07 23:23:04
好高端的问题啊，我不懂！没有听说过，没有用过这样的工具。...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6564346

单组份扩散系数可以用msd，也可以用速度自相关函数，原则上是等价的。

但在多组分气体扩散系数计算上，是否可以对每一组分计算msd来获得指定组分的扩散系数呢？

我了解到的是，对于多组分扩散，要用速度自相关函数和速度交互相关函数。
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13楼2014-04-08 00:27:20
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流，但非应助回帖，请勿选择应助。 2014-04-13 09:06:07
月只蓝: 应助指数-1 2014-04-13 09:33:58
本帖内容被屏蔽
14楼2014-04-08 00:55:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-08 00:27:20
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6564346

单组份扩散系数可以用msd，也可以用速度自相关函数，原则上是等价的。

但在多组分气体扩散系数计算上，是否可以对每一组分计算msd来获得指定组分的扩 ...

可以，你可以给每一组组分建立一个 “组” 计算msd的时候，就选择改组
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15楼2014-04-08 07:05:30
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 23:15:21
我也不是要拆台，
而是命运左右着你我。越往后来，越会发现自己对未来失去控制力。...

o(╯□╰)o表悲观，生活还是很美好滴
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16楼2014-04-08 09:59:24
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朱雪刚521

铁杆木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:06:27
学软件，要么是逼出来的，要么是兴趣。如果你兴趣不高那就逼自己一把吧。现在在学lammps，在网上大概了解了一些再看手册感觉轻松了好多。还没涉及到Gromacs。也许以后会学。现在研一。
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17楼2014-04-11 16:07:22
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lhb19882003

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

月只蓝: 鼓励参与讨论，但非应助，请勿选择应助回帖！ 2014-04-15 18:24:47
果断转行，深受其害
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18楼2014-04-13 15:08:31
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