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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大四科研小白，读研准备做分子模拟，毫无头绪，求各位老师前辈引路
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cunjiehaha

新虫 (初入文坛)

[求助] 大四科研小白，读研准备做分子模拟，毫无头绪，求各位老师前辈引路 已有4人参与

我本科学的是能源与环境，具体是热能方向。确定留校读研，导师叫我做分子模拟，推荐我用Gromacs。可是翻了两页用户手册，实在看不下去了，感觉有很多基础理论知识都不懂。自己找了很多资料看得晕晕乎乎，希望得到各位前辈指点，推荐书目、方法皆可。在此谢过各位了！！
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1楼 2014-04-07 22:04:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
10楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-07 23:23:04
好高端的问题啊，我不懂！没有听说过，没有用过这样的工具。...

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6564346

单组份扩散系数可以用msd，也可以用速度自相关函数，原则上是等价的。

但在多组分气体扩散系数计算上，是否可以对每一组分计算msd来获得指定组分的扩散系数呢？

我了解到的是，对于多组分扩散，要用速度自相关函数和速度交互相关函数。
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13楼2014-04-08 00:27:20
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:05:10
猜你是热能系的。

直博吧。

把分子模拟干翻！

搞研究是为了什么？总要坚持做好一件自认为不可能的事情，奠定你的人生高度。
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2楼2014-04-07 22:28:14
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cunjiehaha

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 22:28:14
猜你是热能系的。

直博吧。

把分子模拟干翻！

搞研究是为了什么？总要坚持做好一件自认为不可能的事情，奠定你的人生高度。

确实想搞懂！一知半解很不爽
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-07 22:35:40
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7226974&pid=1#pid1
This will be helpful.
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4楼2014-04-07 22:46:18
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