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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 大四科研小白，读研准备做分子模拟，毫无头绪，求各位老师前辈引路
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cunjiehaha

新虫 (初入文坛)

[求助] 大四科研小白，读研准备做分子模拟，毫无头绪，求各位老师前辈引路 已有4人参与

我本科学的是能源与环境，具体是热能方向。确定留校读研，导师叫我做分子模拟，推荐我用Gromacs。可是翻了两页用户手册，实在看不下去了，感觉有很多基础理论知识都不懂。自己找了很多资料看得晕晕乎乎，希望得到各位前辈指点，推荐书目、方法皆可。在此谢过各位了！！
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1楼 2014-04-07 22:04:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:05:10
猜你是热能系的。

直博吧。

把分子模拟干翻！

搞研究是为了什么？总要坚持做好一件自认为不可能的事情，奠定你的人生高度。
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2楼2014-04-07 22:28:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-08 18:56:51
别着急别着急
过几天我毕业了有空把分子模拟软件(lammps NAMD gromacs )入门之路都告知大家。
提前求祝福！

gromacs 入门先看网上的教程，一步一步地跟着教程走一遍，先有个大概了解，然后把教程中用到的命令搞懂(看手册)，等你把教程走一遍之后，如果觉得掌握差不多了，可以找篇简单一点儿的文献，试试重复人家的结果，如果能重复出来，你基本上就可以搞自己的研究内容了。

祝福好运
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5楼2014-04-07 22:51:09
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7226974&pid=1#pid1
This will be helpful.
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4楼2014-04-07 22:46:18
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-07 22:58:43
区长来拆台啊！
哈哈哈，看到这个帖子我觉得好幸运啊，以前还妄想毕业后去国外做博后，现在果断改行。...

我也不是要拆台，
而是命运左右着你我。越往后来，越会发现自己对未来失去控制力。
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9楼2014-04-07 23:15:21
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流，但非应助回帖，请勿选择应助。 2014-04-13 09:06:07
月只蓝: 应助指数-1 2014-04-13 09:33:58
本帖内容被屏蔽
14楼2014-04-08 00:55:34
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朱雪刚521

铁杆木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-04-13 09:06:27
学软件，要么是逼出来的，要么是兴趣。如果你兴趣不高那就逼自己一把吧。现在在学lammps，在网上大概了解了一些再看手册感觉轻松了好多。还没涉及到Gromacs。也许以后会学。现在研一。
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17楼2014-04-11 16:07:22
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普通回帖

cunjiehaha

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 22:28:14
猜你是热能系的。

直博吧。

把分子模拟干翻！

搞研究是为了什么？总要坚持做好一件自认为不可能的事情，奠定你的人生高度。

确实想搞懂！一知半解很不爽
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3楼2014-04-07 22:35:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 22:46:18
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7226974&pid=1#pid1
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区长来拆台啊！
哈哈哈，看到这个帖子我觉得好幸运啊，以前还妄想毕业后去国外做博后，现在果断改行。
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6楼2014-04-07 22:58:43
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-07 22:58:43
区长来拆台啊！
哈哈哈，看到这个帖子我觉得好幸运啊，以前还妄想毕业后去国外做博后，现在果断改行。...

jiaoyixiong,请教一下，

GROMACS里面有算velocity auto- and cross-correlation functions的工具吗？
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7楼2014-04-07 23:13:13
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cunjiehaha

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 22:46:18
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7226974&pid=1#pid1
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好深沉的帖子
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8楼2014-04-07 23:14:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-04-07 23:13:13
jiaoyixiong,请教一下，

GROMACS里面有算velocity auto- and cross-correlation functions的工具吗？...

好高端的问题啊，我不懂！没有听说过，没有用过这样的工具。
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10楼2014-04-07 23:23:04
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