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swingsinsky

[交流] digest 之后dna消失,找不到原因了,求助

after double digesting with Bamh and NdeI all my dna was gone
1. BSA(10) 3ul, buffer 3 3ul, dH2O 12 ul, DNA 5ul, Bamh 1ul, NdeI 1ul
2. BSA(10) 3ul, buffer 2 3ul, dH2O 12 ul, DNA 5ul, Bamh 1ul, NdeI 1ul
3. BSA(10) 3ul, buffer 3 3ul, dH2O 12 ul, DNA 5ul
4. BSA(10) 1ul, buffer 6 1ul, dH2O 6.5 ul, DNA 2ul, Bamh 0.5ul, NdeI 0.5ul

37C, 1h

after running the gel, I can only find band in 3, which is the control

it's really hard for me to figure it out, because I already changed the amount in 4, and changed different buffers,
and I reduced the digestion time to 1h, so what happened to my DNA? I really need help here. Many thanks!!

plus, I added the BSA buffer and ddwater first, DNA second, and added the enzyme at last
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ganchao1776

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
swingsinsky(金币+2,VIP+0):thanks
如果你的酶在你基因的中间没有酶切位点,你的buffer配比正确,按我下边的体系切一下试试!!
BSA(10) 2ul, buffer 2 2ul, dH2O 4ul, DNA 8ul, Bamh 1ul, NdeI 1ul

实验中一些意想不到的原因也能使你看不到亮带,紫外灯的功率,透光板是否干净,
golden view的染色效果不如EB

我个人认为你实验看不到亮带的最主要原因是DNA量太少了,不过建议你把Bamh I换了,这个酶的酶切效率太低了,Nde I我没用过

另外在设计引物的时候一定要多设计几个保护碱基!!
11楼2008-03-01 20:18:15
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wangjun0457

银虫 (小有名气)

貌似某种限制酶被DNA水解酶污染。分别用你的BamHI和NdeI单切后找找原因。
2楼2008-02-29 10:50:27
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swingsinsky

楼上的意思我没有领会
我的RE如果被污染了对dna有影响吗?我看不到任何dna的条带。。。
3楼2008-02-29 11:07:15
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wangjiasi

木虫 (正式写手)

会不会是酶切后的片断太小了,当成杂带了?
4楼2008-02-29 12:08:39
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