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Ballendtoo银虫 (初入文坛)
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怎么样在Lammps里面固定输出间隔，然后自动输出？ 已有1人参与
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比如400000步的程序，我希望每跑间隔50000步自动输出一个当时的盒子大小x, y, z 该怎么实现呢？ 有做过的同学吗 谢谢大家了 |
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4楼2014-04-11 16:08:30
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thermo_style 就是根据自己的需要修改输出内容：step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi，后面加上ke pe etotal就也出能量了。默认是thermo_style custom step temp epair emol etotal press。详情见手册。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
Ballendtoo19楼2014-04-22 17:47:52
2楼2014-04-03 18:39:21
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3楼2014-04-11 14:48:05
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in 文件应该没有问题，因为跑一个结构可以正确输出结果，但是我把结构从单层改成双层，就输出nan了，具体的如下： Ewald initialization ... G vector (1/distnace) = -nan estimated absolute RMS force accuracy = -nan estimated relative force accuracy = -nan KSpace vectors: actual max1d max3d = 0 1 13 Memory usage per processor = 5.82992 Mbytes Step Lx Ly Lz Xlo Xhi Ylo Yhi Zlo Zhi 0 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 10 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 20 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 30 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 40 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 50 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 60 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 70 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 80 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 90 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan 100 -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan -nan Loop time of 0.03101 on 16 procs for 100 steps with 11508 atoms Ewald initialization ... G vector (1/distance) = 0.374164 estimated absolute RMS force accuracy = 1.64594e-05 estimated relative force accuracy = 1.14304e-06 KSpace vectors: actual max1d max3d = 38056 28 92596 Setting up run ... Memory usage per processor = 43.2059 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 0 1373 -nan 0 -nan -nan 182551.45 50 -nan -nan 0 -nan -nan -nan Loop time of 0.211481 on 16 procs for 50 steps with 11508 atoms 就是这两段出现了问题，但是跑9000个原子 相同的条件下 就可以输出 |
5楼2014-04-11 19:29:24
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6楼2014-04-11 19:33:36
7楼2014-04-11 20:45:43
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8楼2014-04-12 15:38:59
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9楼2014-04-16 14:09:37
感觉调试时是如履薄冰啊，指不定那就出错了。祝顺利。 10楼2014-04-16 14:22:49
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