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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 怎么样在Lammps里面固定输出间隔，然后自动输出？
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)

[求助] 怎么样在Lammps里面固定输出间隔，然后自动输出？ 已有1人参与

比如400000步的程序，我希望每跑间隔50000步自动输出一个当时的盒子大小x, y, z 该怎么实现呢？

有做过的同学吗
谢谢大家了
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1楼 2014-04-03 17:39:15
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ysshj

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-16 18:37:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ballendtoo at 2014-04-11 14:48:05
你好，为什么跑程序出来的结果，lx ly lz会输出 -nan -nan -nan 是势能设置出了问题吗？ 求救~...

我只能说这种原因很复杂，导致出现除数很小的情况。
势函数如果按参考文献上的取，感觉一般不会有大错。
要不把in文件，data文件发上来大家看看？
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一个人要像一支队伍。
4楼2014-04-11 16:08:30
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ysshj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by Ballendtoo at 2014-04-22 16:52:03
用了
thermo          10
thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi
thermo_modify        flush yes
这一段 每10step 输出lxlylz  但是为什么不输出toteng能量了呢？...

thermo_style 就是根据自己的需要修改输出内容：step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi，后面加上ke pe etotal就也出能量了。默认是thermo_style custom step
temp epair emol etotal press。详情见手册。
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Ballendtoo
一个人要像一支队伍。
19楼2014-04-22 17:47:52
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普通回帖

ysshj

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Ballendtoo: 金币+2, ★★★很有帮助, 十分感谢~~~~~我先试试看，确实是需要输出lx ly lz 2014-04-03 19:05:55
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-07 09:54:16
Ballendtoo: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2014-04-11 19:32:53
thermo         50000
thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi
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一个人要像一支队伍。
2楼2014-04-03 18:39:21
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-03 18:39:21
thermo         50000
thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi

你好，为什么跑程序出来的结果，lx ly lz会输出 -nan -nan -nan 是势能设置出了问题吗？ 求救~
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3楼2014-04-11 14:48:05
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-11 16:08:30
我只能说这种原因很复杂，导致出现除数很小的情况。
势函数如果按参考文献上的取，感觉一般不会有大错。
要不把in文件，data文件发上来大家看看？...

in 文件应该没有问题，因为跑一个结构可以正确输出结果，但是我把结构从单层改成双层，就输出nan了，具体的如下：

Ewald initialization ...
  G vector (1/distnace) = -nan
  estimated absolute RMS force accuracy = -nan
  estimated relative force accuracy = -nan
  KSpace vectors: actual max1d max3d = 0 1 13
Memory usage per processor = 5.82992 Mbytes
Step Lx Ly Lz Xlo Xhi Ylo Yhi Zlo Zhi
       0         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      10         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      20         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      30         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      40         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      50         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      60         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      70         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      80         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      90         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
     100         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
Loop time of 0.03101 on 16 procs for 100 steps with 11508 atoms

Ewald initialization ...
  G vector (1/distance) = 0.374164
  estimated absolute RMS force accuracy = 1.64594e-05
  estimated relative force accuracy = 1.14304e-06
  KSpace vectors: actual max1d max3d = 38056 28 92596
Setting up run ...
Memory usage per processor = 43.2059 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
       0         1373         -nan            0         -nan         -nan    182551.45
      50         -nan         -nan            0         -nan         -nan         -nan
Loop time of 0.211481 on 16 procs for 50 steps with 11508 atoms

就是这两段出现了问题，但是跑9000个原子 相同的条件下 就可以输出
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5楼2014-04-11 19:29:24
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-11 16:08:30
我只能说这种原因很复杂，导致出现除数很小的情况。
势函数如果按参考文献上的取，感觉一般不会有大错。
要不把in文件，data文件发上来大家看看？...

我结构那个文件太长了
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6楼2014-04-11 19:33:36
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ysshj

金虫 (小有名气)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-19 14:30:37
引用回帖:
6楼: Originally posted by Ballendtoo at 2014-04-11 19:33:36
我结构那个文件太长了...

信息不详啊，data文件变了，in文件一般也得改。
层间作用的势函数是按文献设置的吗？
可以把in文件和data文件当附件上传的，这个就随意了。
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一个人要像一支队伍。
7楼2014-04-11 20:45:43
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-11 20:45:43
信息不详啊，data文件变了，in文件一般也得改。
层间作用的势函数是按文献设置的吗？
可以把in文件和data文件当附件上传的，这个就随意了。...

好的，我把结构检查一下，等看好了发上来，多谢了
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8楼2014-04-12 15:38:59
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-11 20:45:43
信息不详啊，data文件变了，in文件一般也得改。
层间作用的势函数是按文献设置的吗？
可以把in文件和data文件当附件上传的，这个就随意了。...

那个结构我放弃了。。太折磨了。。
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9楼2014-04-16 14:09:37
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ysshj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Ballendtoo at 2014-04-16 14:09:37
那个结构我放弃了。。太折磨了。。...

感觉调试时是如履薄冰啊，指不定那就出错了。祝顺利。
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10楼2014-04-16 14:22:49
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