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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)

[求助] 怎么样在Lammps里面固定输出间隔,然后自动输出? 已有1人参与

比如400000步的程序,我希望每跑间隔50000步自动输出一个当时的盒子大小x, y, z 该怎么实现呢?

有做过的同学吗
谢谢大家了
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-03 18:39:21
thermo         50000
thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi

你好,为什么跑程序出来的结果,lx ly lz会输出 -nan -nan -nan 是势能设置出了问题吗? 求救~
3楼2014-04-11 14:48:05
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ysshj

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Ballendtoo: 金币+2, ★★★很有帮助, 十分感谢~~~~~我先试试看,确实是需要输出lx ly lz 2014-04-03 19:05:55
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2014-04-07 09:54:16
Ballendtoo: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2014-04-11 19:32:53
thermo         50000
thermo_style custom step lx ly lz xlo xhi ylo yhi zlo zhi
一个人要像一支队伍。
2楼2014-04-03 18:39:21
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ysshj

金虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-16 18:37:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ballendtoo at 2014-04-11 14:48:05
你好,为什么跑程序出来的结果,lx ly lz会输出 -nan -nan -nan 是势能设置出了问题吗? 求救~...

我只能说这种原因很复杂,导致出现除数很小的情况。
势函数如果按参考文献上的取,感觉一般不会有大错。
要不把in文件,data文件发上来大家看看?
一个人要像一支队伍。
4楼2014-04-11 16:08:30
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Ballendtoo

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ysshj at 2014-04-11 16:08:30
我只能说这种原因很复杂,导致出现除数很小的情况。
势函数如果按参考文献上的取,感觉一般不会有大错。
要不把in文件,data文件发上来大家看看?...

in 文件应该没有问题,因为跑一个结构可以正确输出结果,但是我把结构从单层改成双层,就输出nan了,具体的如下:

Ewald initialization ...
  G vector (1/distnace) = -nan
  estimated absolute RMS force accuracy = -nan
  estimated relative force accuracy = -nan
  KSpace vectors: actual max1d max3d = 0 1 13
Memory usage per processor = 5.82992 Mbytes
Step Lx Ly Lz Xlo Xhi Ylo Yhi Zlo Zhi
       0         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      10         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      20         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      30         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      40         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      50         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      60         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      70         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      80         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
      90         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
     100         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan         -nan
Loop time of 0.03101 on 16 procs for 100 steps with 11508 atoms

Ewald initialization ...
  G vector (1/distance) = 0.374164
  estimated absolute RMS force accuracy = 1.64594e-05
  estimated relative force accuracy = 1.14304e-06
  KSpace vectors: actual max1d max3d = 38056 28 92596
Setting up run ...
Memory usage per processor = 43.2059 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
       0         1373         -nan            0         -nan         -nan    182551.45
      50         -nan         -nan            0         -nan         -nan         -nan
Loop time of 0.211481 on 16 procs for 50 steps with 11508 atoms

就是这两段出现了问题,但是跑9000个原子 相同的条件下 就可以输出
5楼2014-04-11 19:29:24
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