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addict_cy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:08
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10楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-03 10:06:23
能否麻烦再问一下,只是两端各测100bp的话,那怎么能把序列测通呢,比如序列片段是400bp的话,中间的200bp不就测不到了吗?是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢,还麻烦解释一下,谢谢!...

考虑到一次测序的片断数目很多(比如5000万个片断),针对一对reads中间测不到的200bp,总会有其他的reads片断覆盖到,这样从全基因来看,基本上每个位置都会有足够的片断覆盖,从而实现对序列的resequencing.
11楼2014-04-03 11:25:21
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洛基殿下~

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7楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-01 15:40:09
能否麻烦再问一下,只是两端各测100bp的话,那怎么能把序列测通呢,比如序列片段是400bp的话,中间的200bp不就测不到了吗?是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢,还麻烦解释一下,谢谢!...

一半都是打断成500、300bp。以你的400bp为例,其实他是没有测通的,只是测了2边的各100bp,然后利用片断与片断之间这100bp序列的重叠关系(因为是DNA是随机打断的)利用生物信息软件拼接起来的。
12楼2014-04-04 09:50:14
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-04 09:50:14
一半都是打断成500、300bp。以你的400bp为例,其实他是没有测通的,只是测了2边的各100bp,然后利用片断与片断之间这100bp序列的重叠关系(因为是DNA是随机打断的)利用生物信息软件拼接起来的。...

十分感谢
13楼2014-04-14 08:44:20
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-03 11:25:21
考虑到一次测序的片断数目很多(比如5000万个片断),针对一对reads中间测不到的200bp,总会有其他的reads片断覆盖到,这样从全基因来看,基本上每个位置都会有足够的片断覆盖,从而实现对序列的resequencing....

请问测序时用到的“100倍覆盖”,它的意思是不是就是将完整的转录组随机打断100次,之后再进行拼接呢?
14楼2014-04-14 08:56:14
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addict_cy

金虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-30 14:26:20
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14楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-14 08:56:14
请问测序时用到的“100倍覆盖”,它的意思是不是就是将完整的转录组随机打断100次,之后再进行拼接呢?...

以人的基因组为例,总共3G bp, 如果总测序量是90G(90bp*1G reads),则基因组上每个位点平均被覆盖30次,叫做30X覆盖;注意这不意味着每个位点都有30次覆盖,实际上是一个分布;
转录组的话,由于每个基因表达量差别很大,所以讨论100倍覆盖其实没有意义.

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

15楼2014-04-14 14:22:24
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洛基殿下~

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是的,转录组不讲测序深度,因为转录组的表达量不一样,谈不上平均测序深度。主要看饱和曲线,饱和曲线区域饱和,就表明大部分的转录组被测到,再加大测序量,被测到的转录组数量也不会明显增加。  重测序和基因组这种DNA测序,才提到测序深度的问题。
16楼2014-04-14 16:14:45
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

送红花一朵
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15楼: Originally posted by addict_cy at 2014-04-14 14:22:24
以人的基因组为例,总共3G bp, 如果总测序量是90G(90bp*1G reads),则基因组上每个位点平均被覆盖30次,叫做30X覆盖;注意这不意味着每个位点都有30次覆盖,实际上是一个分布;
转录组的话,由于每个 ...

十分感谢啊
17楼2014-04-15 07:47:54
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-14 16:14:45
是的,转录组不讲测序深度,因为转录组的表达量不一样,谈不上平均测序深度。主要看饱和曲线,饱和曲线区域饱和,就表明大部分的转录组被测到,再加大测序量,被测到的转录组数量也不会明显增加。  重测序和基因组这 ...

谢谢啊~
18楼2014-04-15 07:48:09
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18楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-15 07:48:09
谢谢啊~...

不客气~
19楼2014-04-15 09:18:06
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JudeJohn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-04 09:50:14
一半都是打断成500、300bp。以你的400bp为例,其实他是没有测通的,只是测了2边的各100bp,然后利用片断与片断之间这100bp序列的重叠关系(因为是DNA是随机打断的)利用生物信息软件拼接起来的。...

您好,请教一下,转录组拼接的时候需要insert length值,也就是两边各100bp,加上中间没有测到的,那这个值怎么估计呢,还是说一般都是500、300bp?
20楼2014-06-20 15:51:45
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