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seamas_gao1银虫 (小有名气)
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[求助]
转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？已有3人参与
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| 我测了几个转录组样品，测序公司把“raw data”和“clean data”，都给我了，都是fq格式的文件，每个大概5个G。我打开发现里面全都是100 bp的序列，请问这正常吗？QC和拼接都是用这些100bp的序列吗？ |
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addict_cy
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-30 14:26:20
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以人的基因组为例，总共３G bp, 如果总测序量是９０G（９０bp*1G reads），则基因组上每个位点平均被覆盖３０次，叫做３０X覆盖；注意这不意味着每个位点都有３０次覆盖，实际上是一个分布； 转录组的话，由于每个基因表达量差别很大，所以讨论１００倍覆盖其实没有意义． |
seamas_gao115楼2014-04-14 14:22:24
3楼2014-03-31 12:09:23
seamas_gao1
银虫 (小有名气)
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4楼2014-04-01 08:00:38
【答案】应助回帖
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seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:18:40
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:58
seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:18:40
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:58
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正常的，如果是转录组、DNA重测序，illumina平台一般都是采用PE100测序，测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp，所以下机出来的都是100bp的片断。 raw data是原始下机数据，clean data是经过过滤处理后留下的数据，该数据用于后续的生物信息分析。 |
5楼2014-04-01 10:58:42