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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？ 已有3人参与

我测了几个转录组样品，测序公司把“raw data”和“clean data”，都给我了，都是fq格式的文件，每个大概5个G。我打开发现里面全都是100 bp的序列，请问这正常吗？QC和拼接都是用这些100bp的序列吗？
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1楼 2014-03-28 14:04:32
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addict_cy

金虫 (小有名气)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-30 14:26:20
引用回帖:
14楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-14 08:56:14
请问测序时用到的“100倍覆盖”，它的意思是不是就是将完整的转录组随机打断100次，之后再进行拼接呢？...

以人的基因组为例，总共３G bp, 如果总测序量是９０G（９０bp*1G reads），则基因组上每个位点平均被覆盖３０次，叫做３０X覆盖；注意这不意味着每个位点都有３０次覆盖，实际上是一个分布；
转录组的话，由于每个基因表达量差别很大，所以讨论１００倍覆盖其实没有意义．
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seamas_gao1
15楼2014-04-14 14:22:24
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bio-li

金虫 (小有名气)
★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-03-31 12:41:42
拼接用的是clean data，raw data不能用的，你这测序采用的是什么平台
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你不能解决问题，你就会成为问题
3楼2014-03-31 12:09:23
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bio-li at 2014-03-31 12:09:23
拼接用的是clean data，raw data不能用的，你这测序采用的是什么平台

我正是准备用clean data来拼接，用的是Illumina，我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列，这正常吗？
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4楼2014-04-01 08:00:38
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洛基殿下~

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:18:40
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-01 08:00:38
我正是准备用clean data来拼接，用的是Illumina，我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列，这正常吗？...

正常的，如果是转录组、DNA重测序，illumina平台一般都是采用PE100测序，测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp，所以下机出来的都是100bp的片断。

raw data是原始下机数据，clean data是经过过滤处理后留下的数据，该数据用于后续的生物信息分析。
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5楼2014-04-01 10:58:42
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