24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

seamas_gao1

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1617.5
散金: 15
帖子: 192
在线: 29.9小时
虫号: 1879385
注册: 2012-07-05
专业: 水产养殖学

[求助] 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？已有3人参与

我测了几个转录组样品，测序公司把“raw data”和“clean data”，都给我了，都是fq格式的文件，每个大概5个G。我打开发现里面全都是100 bp的序列，请问这正常吗？QC和拼接都是用这些100bp的序列吗？

回复此楼

» 猜你喜欢

HILIC磁珠研究蛋白组学怎么做？已经有0人回复
His标签蛋白纯化怎么才能快？已经有0人回复
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有186人回复
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析已经有0人回复
KRAS G12V(ON) 选择性抑制剂 RMC-5127：从三元复合物机制到科研应用已经有0人回复
SHP2 变构抑制剂 Sitneprotafib：从作用机制到科研试剂选型要点已经有0人回复
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用已经有0人回复
SW033291 科研使用解析：分子特征、储存与实验获取要点已经有0人回复
泛 RAS 抑制新思路：大环肽拟似物如何同时牵住突变型与野生型 RAS？已经有0人回复
TYK2/JAK1 双靶点工具化合物 Brepocitinib：激酶选择性、研究进展与实验应用全解析已经有0人回复
矢车菊素-3-O-葡萄糖苷质控实录：从一张HPLC图谱读懂纯度与稳定性已经有0人回复

1楼 2014-03-28 14:04:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

addict_cy

金虫 (小有名气)

MolEPI: 1
应助: 5 (幼儿园)
金币: 1412.7
散金: 1020
红花: 2
帖子: 124
在线: 163.8小时
虫号: 1351209
注册: 2011-07-20
性别: GG
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:08

引用回帖:

10楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-03 10:06:23
能否麻烦再问一下，只是两端各测100bp的话，那怎么能把序列测通呢，比如序列片段是400bp的话，中间的200bp不就测不到了吗？是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢，还麻烦解释一下，谢谢！...

考虑到一次测序的片断数目很多（比如5000万个片断），针对一对reads中间测不到的200bp，总会有其他的reads片断覆盖到，这样从全基因来看，基本上每个位置都会有足够的片断覆盖，从而实现对序列的resequencing.