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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？已有3人参与

我测了几个转录组样品，测序公司把“raw data”和“clean data”，都给我了，都是fq格式的文件，每个大概5个G。我打开发现里面全都是100 bp的序列，请问这正常吗？QC和拼接都是用这些100bp的序列吗？
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1楼2014-03-28 14:04:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

addict_cy

金虫 (小有名气)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-30 14:26:20
引用回帖:
14楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-14 08:56:14
请问测序时用到的“100倍覆盖”，它的意思是不是就是将完整的转录组随机打断100次，之后再进行拼接呢？...

以人的基因组为例，总共３G bp, 如果总测序量是９０G（９０bp*1G reads），则基因组上每个位点平均被覆盖３０次，叫做３０X覆盖；注意这不意味着每个位点都有３０次覆盖，实际上是一个分布；
转录组的话，由于每个基因表达量差别很大，所以讨论１００倍覆盖其实没有意义．
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seamas_gao1
15楼2014-04-14 14:22:24
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addict_cy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:08
引用回帖:
10楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-03 10:06:23
能否麻烦再问一下，只是两端各测100bp的话，那怎么能把序列测通呢，比如序列片段是400bp的话，中间的200bp不就测不到了吗？是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢，还麻烦解释一下，谢谢！...

考虑到一次测序的片断数目很多（比如5000万个片断），针对一对reads中间测不到的200bp，总会有其他的reads片断覆盖到，这样从全基因来看，基本上每个位置都会有足够的片断覆盖，从而实现对序列的resequencing.
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11楼2014-04-03 11:25:21
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woody196

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-02 08:30:44
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:45:14
seamas_gao1: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-04-14 08:46:16
如果你使用的是illumina测序的话都是片段为100bp的reads，raw reads就是测序完后的原始序列，而cleanreads是去除接头以及一些质量值较低的reads后产生的。
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9楼2014-04-02 08:05:16
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洛基殿下~

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7楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-01 15:40:09
能否麻烦再问一下，只是两端各测100bp的话，那怎么能把序列测通呢，比如序列片段是400bp的话，中间的200bp不就测不到了吗？是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢，还麻烦解释一下，谢谢！...

一半都是打断成500、300bp。以你的400bp为例，其实他是没有测通的，只是测了2边的各100bp，然后利用片断与片断之间这100bp序列的重叠关系（因为是DNA是随机打断的）利用生物信息软件拼接起来的。
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12楼2014-04-04 09:50:14
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洛基殿下~

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是的，转录组不讲测序深度，因为转录组的表达量不一样，谈不上平均测序深度。主要看饱和曲线，饱和曲线区域饱和，就表明大部分的转录组被测到，再加大测序量，被测到的转录组数量也不会明显增加。  重测序和基因组这种DNA测序，才提到测序深度的问题。
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16楼2014-04-14 16:14:45
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wsliuqiulei

铜虫 (初入文坛)
他是把很长的序列打成了很多很多个小的片段，给每个小的片段加上特定的接头以后，才去进行的PE双端测序，经过大量的测序，就能把这些小的片段之间的overlap区域找到，然后拼接，这样就得到了你说的那种测通的长的序列
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21楼2014-09-16 09:30:18
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普通回帖

seamas_gao1

银虫 (小有名气)
没有人知道吗？
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2楼2014-03-31 11:10:23
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bio-li

金虫 (小有名气)
★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-03-31 12:41:42
拼接用的是clean data，raw data不能用的，你这测序采用的是什么平台
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你不能解决问题，你就会成为问题
3楼2014-03-31 12:09:23
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bio-li at 2014-03-31 12:09:23
拼接用的是clean data，raw data不能用的，你这测序采用的是什么平台

我正是准备用clean data来拼接，用的是Illumina，我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列，这正常吗？
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4楼2014-04-01 08:00:38
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洛基殿下~

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【答案】应助回帖

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seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:18:40
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-01 08:00:38
我正是准备用clean data来拼接，用的是Illumina，我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列，这正常吗？...

正常的，如果是转录组、DNA重测序，illumina平台一般都是采用PE100测序，测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp，所以下机出来的都是100bp的片断。

raw data是原始下机数据，clean data是经过过滤处理后留下的数据，该数据用于后续的生物信息分析。
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5楼2014-04-01 10:58:42
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XOooZzz

银虫 (小有名气)
lz你好，我对生物信息学有点兴趣，想请问你用什么软件进行拼接？
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6楼2014-04-01 11:03:50
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-01 10:58:42
正常的，如果是转录组、DNA重测序，illumina平台一般都是采用PE100测序，测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp，所以下机出来的都是100bp的片断。

raw data是原始下机数据，clean data是经过过滤处理后留下的数 ...

能否麻烦再问一下，只是两端各测100bp的话，那怎么能把序列测通呢，比如序列片段是400bp的话，中间的200bp不就测不到了吗？是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢，还麻烦解释一下，谢谢！
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7楼2014-04-01 15:40:09
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-04-01 11:03:50
lz你好，我对生物信息学有点兴趣，想请问你用什么软件进行拼接？

CLC，花钱买的
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8楼2014-04-01 15:40:22
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by woody196 at 2014-04-02 08:05:16
如果你使用的是illumina测序的话都是片段为100bp的reads，raw reads就是测序完后的原始序列，而cleanreads是去除接头以及一些质量值较低的reads后产生的。

能否麻烦再问一下，只是两端各测100bp的话，那怎么能把序列测通呢，比如序列片段是400bp的话，中间的200bp不就测不到了吗？是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢，还麻烦解释一下，谢谢！
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10楼2014-04-03 10:06:23
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