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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列?已有3人参与

我测了几个转录组样品,测序公司把“raw data”和“clean data”,都给我了,都是fq格式的文件,每个大概5个G。我打开发现里面全都是100 bp的序列,请问这正常吗?QC和拼接都是用这些100bp的序列吗?
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 洛基殿下~ at 2014-04-01 10:58:42
正常的,如果是转录组、DNA重测序,illumina平台一般都是采用PE100测序,测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp,所以下机出来的都是100bp的片断。

raw data是原始下机数据,clean data是经过过滤处理后留下的数 ...

能否麻烦再问一下,只是两端各测100bp的话,那怎么能把序列测通呢,比如序列片段是400bp的话,中间的200bp不就测不到了吗?是否是先把序列都打碎到不到200bp的长度呢,还麻烦解释一下,谢谢!
7楼2014-04-01 15:40:09
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bio-li

金虫 (小有名气)


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-03-31 12:41:42
拼接用的是clean data,raw data不能用的,你这测序采用的是什么平台
你不能解决问题,你就会成为问题
3楼2014-03-31 12:09:23
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bio-li at 2014-03-31 12:09:23
拼接用的是clean data,raw data不能用的,你这测序采用的是什么平台

我正是准备用clean data来拼接,用的是Illumina,我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列,这正常吗?
4楼2014-04-01 08:00:38
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洛基殿下~

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

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seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励热心回帖交流 2014-04-01 13:18:40
seamas_gao1: 金币+5, ★★★很有帮助, 十分感谢 2014-04-14 08:44:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-01 08:00:38
我正是准备用clean data来拼接,用的是Illumina,我只是不明白为什么clean data全都是100 bp的序列,这正常吗?...

正常的,如果是转录组、DNA重测序,illumina平台一般都是采用PE100测序,测序的过程中都是测DNA片断2端各100bp,所以下机出来的都是100bp的片断。

raw data是原始下机数据,clean data是经过过滤处理后留下的数据,该数据用于后续的生物信息分析。
5楼2014-04-01 10:58:42
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